Haplogroup R (mtDNA)

Haplogrupp R  är en human mitokondriell DNA- haplogrupp .

Ursprung

Haplogruppen R är en ättling till makrogruppen N och enligt dess forntid, utbredningsbredd och antalet ättlingsgrupper kan den i sig kallas en makrogrupp. Det har troligen sitt ursprung i Främre Orienten strax (bara några tusen år) efter att det bosattes av människor (för cirka 55 tusen år sedan). Senare genomfördes expansionen från denna region, så att bärarna av R-gruppen (ofta tillsammans med andra undergrupper av N-gruppen) spred sig: söderut till Arabien och nordöstra Afrika , österut längs den iranska platån , vidare till Centralasien till Altai och Hindustan , norrut in i Anatolien , Kaukasus och vidare in i östra Europa .

Underlag R5, R6 , R7 , R8, R30, R31 är autoktona haplogrupper i Indien. I datamängden för Centralasien (Comas et al. 2004), av 232 härstamningar, hör endast 2 till R5 [1] .

Ättlingarna till denna grupp inkluderar B , UK (och dess ättlingar U och K ), F , R0 (och dess ättlingar HV , H och V ) och pre-JT (och dess ättlingar JT , J och T ).

Paleogenetik

Den mitokondriella haplogruppen R* upptäcktes i en paleo-sibirisk från Ust-Ishim ( Ust-Ishim man ), som levde för 45 tusen år sedan [2] , men 2016 klassificerade Pozniks team den mitokondriella haplogruppen U* i Ust-Ishim [3 ] .

Haplogrupp R bestämdes i det senpaleolitiska provet CC7-2289 (för cirka 44 tusen år sedan) från Bacho Kiro- grottan i Bulgarien [4]

Haplogruppen R* inkluderar mitokondriegenomet från en mjölktand från Fumane Cave ( it: Grotta di Fumane ), som finns i ett lager 41 110–38 500 år gammalt (Proto-Aurignacian) [5] .

Kvarlevorna av flickan Paglichci 23 ( sv: Paglicci 23 ) från den italienska grottan Paglichci , cirka 28 tusen år gammal, visade sig ha Cambridge-referenssekvensen ( sv: Cambridge Reference Sequence ) HVR1, vilket indikerar att individen hade antingen mitokondriella haplogrupp R eller mitokondriella haplogrupp H [6] . Analys av DNA från Cro-Magnon Paglicci-12 , som levde för cirka 24 tusen år sedan, visade att han tillhörde den mitokondriella haplogruppen R [7] .

R1b subclade hittades i invånaren av Mount Afontova AG-3, som levde för 16 930–16 490 år sedan.

R1 bestämdes i provet yak025 (14865-14590 f.Kr.) från Khaiyrgas Cave (Khaiyrgas Cave, Dyuktai kultur ) [8] . I Khaiyrgas-1-provet från Yakutia (16,9 tusen år sedan) bestämdes R1b [9] .

R9c1b identifierades i ett Qihe3- prov (11 747–11 356 år sedan ) från Fujian-provinsen i Kina [10] .

R2-a* identifierades i AH2-provet (8205-7756 f.Kr.) från Tepe Abdul Hosein i Iran (Shahrestan Nurabad ) [11] .

R11 [12] bestämdes i prov NE35 (AR8.9K, ARpost9K, 9131-8770 år sedan ) från Amur-regionen ( Kina ) [13] .

R3 finns i en representant för yngre stenåldern i Ungern, som levde ca. 7500 år sedan [14] .

R1b identifierades i en mesolitisk invånare på South Deer Island [15] .

R1a bestämdes i de eneolitiska exemplaren I2055 (Unakozovskaya, för 6533 år sedan) och I2056 (Unakozovskaya, för 6477,5 år sedan) från norra Kaukasus (Unakozovsky-grottan vid Meshoko-strömmen) [16] .

R1b1 identifierades från en representant för den estniska stridsyxakulturen SOP002 (2864–2495 f.Kr.) från Sopes begravningsplats i Ida-Viru län [17] .

R1a identifierades i en representant för Novosvobodnensky-stadiet av Maikop-kulturen I6268 (5564 år sedan) från Klady- kanalen i Adygea [16] .

R1a1a bestämdes i provet MK5009.A0101 från norra Kaukasus (Marinskaya 5, 4710 år sedan) [16] .

R1b1 bestämdes i provet GLZ003 från Glazkovo (Glazkovskoe predmestie), daterat 4519–4417 år sedan. n. (Baikals tidig bronsålder) [18] .

R1a identifierades bland representanter för Darkveti-Meshokovskaya-kulturen (pärlkeramik) från den sena eneolitikum [19] .

R1b bestämdes från bronsåldersexemplaret Anosovo-1 från Transbaikalia (för cirka 4 tusen år sedan) [9] .

R1b identifierades i en representant för post-Catacomb Lolin-kulturen NV3001 (Nevinnomiskiy 3, 3970,5 år sedan) i Kalmykia ( Lola ) [16] .

R1b1 identifierades i prov BIY002.A0101 (3:e–2:a århundradet f.Kr., Sargat-horisonten) från Gornaya Bitiya-området vid Ishimfloden, som ligger 8 km sydväst om byn Nizhnyaya Ilyinka (Omsk-regionen) [20] .

R1b1 identifierades i Tarim-mumien L5213 (2000–1800 år sedan) [21] .

R11 [12] hittades i det oklassificerade exemplaret KHI001 (medel-sen bronsålder) från den östeurasiska stäppen från Altai [22] .

R1a bestämdes i provet ALA135 (1876-1636 f.Kr.) från Tell-Atchan ( Alalakh , Turkiet) [23] .

R1b1 identifierades i representanter för Unetice- kulturen från Tjeckien I14191 (Czech_EBA_Unetice, för 3850 år sedan) [24] .

R1b1 hittades i exemplar I3860 (Oy-Dzhaylau III, för 3626 år sedan) från medel-sen bronsålder i Kazakstan (Oy_Dzhaylau_MLBA_o) [25] .

R9b1a3 identifierades i LayiKD01-provet (1532–1403 år sedan), R9b1b i QinchangKD14-provet (1545–1407 år sedan) från Kina (den autonoma regionen Guangxi Zhuang) [10] .

R1a1a hittades i ett prov från Kanageghs gravfält (Kanagegh, Armenien) daterat 1500-1300 f.Kr. [26] .

R1b1 hittades hos en invånare i Nerkin Getashen (Nerqin Getashen, Armenien), som levde 1400-1200 f.Kr. [26] .

Mitokondriella haplogrupper R2 och R5 identifierades i prover från Haft-Tape- regionen i Middle Elam -perioden [27] .

R6 identifierades i en representant för Koban-kulturen från Zayukovo-3-gravfältet, beläget nära byn Zayukovo i Baksan-regionen i Kabardino-Balkariska republiken (VIII-VI århundraden f.Kr.) [28] .

R9 bestämdes från ett prov av hängande kistor från Yunnan [29] .

R30 bestämdes hos en person med en sydasiatisk inblandning av 40-50 % från kyrkogården i Wat Komnou (Vat Komnou) i Angkor Borei ( Kambodja ), som levde i början av 1:a millenniet (95 % konfidensintervall - 78- 234, kalibrerat datum) [30] .

R0a1 bestämdes i prover från den kristna kyrkogården R (~650–1000) på ön Kulubnarti i norra Sudan [31] .

R11a hittades i det senmedeltida exemplaret DEC01/SHR001 från Mongoliet [22] .

R1a1a hittades i det norska exemplaret VK114 från Trondheim (1100-1200-talet) [32] .

R9b1b bestämdes i HuatuyanNL18-provet (500 år sedan), R+16189 i HuatuyanNL19-provet (455–294 år sedan) från Kina (Guangxi Zhuang autonoma region) [10] .

Anteckningar

1. ↑ Malliya gounder Palanichamy et al. Fylogeni av mitokondriellt DNA Makrohaplogrupp N i Indien, baserat på fullständig sekvensering: konsekvenser för människorna i Sydasien Arkiverad 5 maj 2021 på Wayback Machine , december 2004
2. ↑ KOMPLETTERANDE INFORMATION 8. MITOKONDRIELL GENOMANALYS . Hämtad 23 oktober 2014. Arkiverad från originalet 24 mars 2016. (obestämd)
3. ↑ Posnik GD et al. (2016) Punkterade utbrott i mänsklig manlig demografi härleddes från 1 244 världsomspännande Y-kromosomsekvenser Arkiverade 28 maj 2017 på Wayback Machine , Nature Genetics, 48, 593–599 (Poznik supp. fig. 15).
4. ↑ Jean-Jacques Hublin et al. Initial övre paleolitiska Homo sapiens från Bacho Kiro Cave, Bulgarien Arkiverad 19 juni 2020 på Wayback Machine 11 maj 2020
5. ↑ Paleogenetiska data bekräftade att skaparna av den proto-aurignacianska kulturen var moderna människor Arkiverad 29 april 2015 på Wayback Machine , 2015-04-27
6. ↑ En 28 000 år gammal Cro-Magnon mtDNA-sekvens skiljer sig från alla potentiellt kontaminerande moderna sekvenser
7. ↑ Forntida DNA . Datum för åtkomst: 1 februari 2015. Arkiverad från originalet 23 april 2015. (obestämd)
8. ↑ Gülşah Merve Kılınç et al. Undersöker holocen mänsklig befolknings historia i norra Asien med forntida mitogenom Arkiverad 31 juli 2020 på Wayback Machine , 12 juni 2018 // Dataset 1 / Tabell S4
9. ↑ 1 2 Gülşah Merve Kılınç et al. Mänsklig befolkningsdynamik och Yersinia pestis i det antika nordöstra Asien Arkiverad 17 juni 2021 på Wayback Machine , 2021
10. ↑ 1 2 3 Tianyi Wang et al. Människobefolkningens historia vid korsningen mellan Östasien och Sydostasien sedan 11 000 år sedan // Cell, 24 juni 2021
11. ↑ Broushaki F. et al. (juli 2016). "Tidigt neolitiska genom från den östra fertila halvmånen" . vetenskap . 353 (6298). doi : 10.1126/science.aaf7943 . PMC  5113750 . PMID  27417496 . Arkiverad från originalet 2020-02-22 . Hämtad 2021-05-30 . Föråldrad parameter använd |deadlink=( hjälp );Kontrollera datumet på |date=( hjälp på engelska )
12. ↑ 12 R11 MTree
13. ↑ Xiaowei Mao et al. Den djupa befolkningshistorien i norra Östasien från sen pleistocen till holocen Arkiverad 28 juni 2021 på Wayback Machine 27 maj 2021
14. ↑ Fu. Q. et al. The genetic history of Ice Age Europe , Nature, publicerad online 2 maj 2016.
15. ↑ Alissa Mittnik et al. The Genetic History of Northern Europe Arkiverad 25 april 2017 på Wayback Machine , 03/03/2017
16. ↑ 1 2 3 4 Chuan-Chao Wang et al. Den genetiska förhistorien till Greater Kaukasus Arkiverad 9 maj 2020 på Wayback Machine 16 maj 2018
17. ↑ Lehti Saag, Sergey V. Vasilyev, Svetlana V. Oshibkina et al. Genetiska härkomstförändringar i övergången från sten till bronsålder i den östeuropeiska slätten Arkiverad 23 januari 2021 vid Wayback Machine (tabell 1), 3 juli 2020 ( bioRxiv Arkiverad 30 januari 2021 vid Wayback Machine )
18. ↑ He Yu et al. Sibirier från paleolitikum till bronsålder avslöjar kopplingar med första amerikaner och över Eurasien Arkiverad 2 juli 2020 på Wayback Machine 20 maj 2020
19. ↑ Chuan-Chao Wang et al. Den genetiska förhistorien till Greater Kaukasus Arkiverad 18 maj 2018 på Wayback Machine 16 maj 2018
20. ↑ Guido Alberto Gnecchi-Ruscone et al. Forntida genomisk tidstransek från den centralasiatiska stäppen avslöjar skyternas historia Arkiverad 18 augusti 2021 på Wayback Machine // Science Advances. Vol. 7, nummer 13, 26 maj 2021
21. ↑ Utökade data Tabell 1 En sammanfattning av bronsåldern Xinjiang-individer rapporterade i denna studie Arkiverad 29 oktober 2021 på Wayback Machine . Från: Fan Zhang et al. Det genomiska ursprunget för bronsålderns Tarim Basin-mumier Arkiverade 30 oktober 2021 på Wayback Machine // Nature, 2021
22. ↑ 1 2 Choongwon Jeong et al. En dynamisk 6 000-årig genetisk historia av Eurasiens östra stäpp Arkiverad 3 november 2020 på Wayback Machine , 2020
23. ↑ Tara Ingman et al. Mänsklig rörlighet vid Tell Atchana (Alalakh), Hatay, Turkiet under det andra årtusendet f.Kr.: Integration av isotopiska och genomiska bevis Arkiverad 24 maj 2022 på Wayback Machine // Plos One, 30 juni 2021
24. ↑ Nick Patterson et al. Storskalig migration till Storbritannien under medel till sen bronsålder Arkiverad 1 januari 2022 vid Wayback Machine // Nature, 22 december 2021
25. ↑ Vagheesh M. Narasimhan et al. Bildandet av mänskliga populationer i Syd- och Centralasien  (engelska)  // Vetenskap. — 2019-09-06. — Vol. 365 , utg. 6457 . — ISSN 1095-9203 0036-8075, 1095-9203 . - doi : 10.1126/science.aat7487 . Arkiverad från originalet den 4 april 2021. ( The Genomic Formation of South and Central Asia, bioRxiv Arkiverad 17 mars 2021 på Wayback Machine )
26. ↑ 1 2 Margaryan, Derenko et al. Åtta årtusenden av matrilineal genetisk kontinuitet i södra Kaukasus
27. ↑ ت lf توالی DNA میوکوکوک icles (mtDna) وقای ا iCles ی دوره‌ی ایلام inct محوط وه‌ی وه‌ی وه‌ی و‌ی ی وه‌ی وه‌ی lf تا tänding . Hämtad 21 mars 2020. Arkiverad från originalet 21 mars 2020. (obestämd)
28. ↑ Eugenia Boulygina et al. Mitokondriell och Y-kromosommångfald av den förhistoriska Koban-kulturen i norra Kaukasus , 2020
29. ↑ Xiaoming Zhang et al. Ett matrilineärt genetiskt perspektiv på hängande kistanpassning i södra Kina och norra Thailand 24, 20 april
30. ↑ Piya Changmai et al. Forntida DNA från den protohistoriska perioden Kambodja indikerar att sydasiater blandades med lokala befolkningar så tidigt som 1:a-3:e århundradena e.Kr. , 5 juli 2022
31. ↑ Kendra A. Sirak et al. Social stratifiering utan genetisk differentiering på platsen för Kulubnarti i den kristna perioden Nubia Arkiverad 6 mars 2021 på Wayback Machine 17 februari 2021 ( Kompletterande figur 5, 6 Arkiverad 23 oktober 2021 på Wayback Machine )
32. ↑ Ashot Margaryan et al. Vikingavärldens befolkningsgenomik Arkiverad 12 februari 2020 på Wayback Machine 2019

Se även

Länkar

Allmän information

• Ian Logans mitokondriella DNA-plats
• PhyloTree.org - mtDNA-träd Bygg 17 (18 februari 2016): underträd R
• R YFull MTree 1.02.00 (under konstruktion)

Haplogrupp R

• • Spridning av Haplogroup R , från National Geographic