Exosom (komplex)
Exosomen (komplexet) , eller PM/Scl-komplexet , är ett multiproteinkomplex som kan förstöra olika typer av RNA- molekyler . Exosomer finns i eukaryoter och arkéer , medan liknande funktioner hos bakterier utförs av en mer enkelt arrangerad komplex -degradosom .
Den centrala (centrala) delen av exosomen är en sexledad ring till vilken andra proteiner är fästa . I eukaryoter finns exosomer i cytoplasman , kärnan och speciellt nukleolen , även om dessa avdelningar innehåller några proteiner som interagerar med exosomer och reglerar deras aktivitet för att bryta ned RNA- substrat som är specifika för dessa cellulära avdelningar. Substraten för det exosomala komplexet inkluderar mRNA , rRNA och många andra typer av små RNA. Exosomen har exoribonukleolytisk aktivitet, det vill säga den förstör RNA-molekyler, med början från en av deras ändar (3'-änden), och i eukaryoter kännetecknas den också av endoribonukleolytisk aktivitet, det vill säga den kan skära RNA på platser (platser) belägna i den inre delen av molekylen.
Flera exosomala proteiner är mål för autoantikroppar hos patienter som lider av specifika autoimmuna sjukdomar , särskilt skleromyosit ; dessutom blockeras exosomes funktion av vissa typer av anti -cancer antimetabolisk kemoterapi. Slutligen, mutationer i exosomal komponent 3 orsakar cerebellopontin hypoplasi och motoriska neuronstörningar i ryggmärgen .
Upptäcktshistorik
Exosomen beskrevs första gången 1997 som ett RNas från spirande jäst Saccharomyces cerevisiae [1] . Snart, 1999, fann man att jästexosomen var likvärdig med de redan beskrivna humana PM/Scl-komplexen , som ursprungligen hade beskrivits som ett autoantigen hos patienter med vissa autoimmuna sjukdomar några år tidigare [ 2 ] . Isolering av sådana humana PM/Scl-komplex gjorde det möjligt att identifiera andra exosomala proteiner och slutligen att beskriva alla komponenter i komplexet [3] [4] . År 2001 förutspådde en ökande mängd genomiska data närvaron av exosomala proteiner i archaea, även om det första exosomala komplexet isolerades från archaea bara två år senare [5] [6] .
Struktur
Ko ekorrar
Den centrala (centrala) delen av komplexet har en ringstruktur och består av 6 proteiner, som var och en tillhör samma klass av RNaser - proteiner som liknar RNase PH [7] . Archaea har två olika RNase PH-liknande proteiner, Rrp41 och Rrp42, som var och en förekommer tre gånger i ringen och varvas med ett protein av en annan art. Hos eukaryoter bildas ringstrukturen av sex olika proteiner [8] [9] . Av de sex eukaryota proteinerna liknar tre det arkeala Rrp41-proteinet och tre andra liknar Rrp42 [10] .
Ovanpå dessa cirkulära proteiner finns tre proteiner som innehåller S1 RNA-bindande domäner . Två av dessa tre proteiner har också en K-homolog domän [7] . I eukaryoter är alla tre av dessa S1-innehållande proteiner olika, medan de i archaea representeras av proteiner av en eller två olika arter, även om i alla fall endast tre subenheter är fästa till ringen [11] .
Ringstrukturen för exosomen är mycket lik den för RNas PH och polynukleotidfosforylas (PNPas). I bakterier bildar RNas PH involverat i tRNA- bearbetning en hexamerisk ring som består av sex identiska subenheter [12] [13] . När det gäller PNPas (ett fosforolytiskt RNA-nedbrytande enzym (finns i bakterier, såväl som i kloroplaster och mitokondrier i vissa eukaryoter), både RNas PH-domäner, såväl som S1- och KH-RNA-bindande domäner , är delar av ett enda protein som bildar ett trimeriskt komplex, strukturen sammanfaller nästan helt med exosomen [14] På grund av den höga likheten mellan både proteindomäner och struktur anses dessa komplex evolutionärt relaterade och har en gemensam förfader [15] RNPase och RNase RNase är medlemmar av RNase RNase RNase-familjen och är fosforolytiska exoribonukleaser, det vill säga de använder oorganiskt fosfat för att avlägsna nukleotider från 3'-änden av RNA-molekyler [7] .
Associerade proteiner
Förutom de nio kärnproteinerna som anges ovan är två andra proteiner ofta associerade med eukaryota exosomer. En av dem är Rrp44, ett hydrolytiskt RNas som tillhör RNase R -familjen av hydrolytiska exoribonukleaser (med vatten för att bryta bindningar mellan nukleotider). Förutom exoribonukleotisk aktivitet kan Rrp44 också fungera som ett endoribonukleas; denna aktivitet uppvisas av en separat domän av detta protein [16] [17] . I jäst är Rrp44 associerat med alla exosomala komplex och krävs för deras funktion [18] . Även om människor har ett Rrp44- homologprotein , fanns det under lång tid inga bevis för att denna homolog också är associerad med exosomer [7] . Men 2010 fann man att det finns tre Rrp44-homologer hos människor, och två av dem kan fungera tillsammans med exosomer. Det är mest troligt att dessa två proteiner bryter ner olika RNA-substrat på grund av olika lokalisering i cellen: det ena, Dis3L1, är lokaliserat i cytoplasman och det andra, Dis3 , är beläget i kärnan [19] [20] .
Ett annat protein som ofta associeras med exosomen är Rrp6 (i jäst) eller PM/Scl-100 (i människor), liksom Rrp44, detta protein är ett hydrolytiskt exoribonukleas men tillhör RNase D- familjen [21] . PM/Scl-100-proteinet finns oftast i exosomala komplex lokaliserade i kärnan, men det kan också vara en del av cytoplasmatiska exosomer [22] .
Regulatoriska proteiner
Förutom de två ovanstående proteinerna, som är starkt associerade med det exosomala komplexet, interagerar många proteiner med exosomer i cytoplasman och cellkärnan. Dessa proteiner, som binder svagt till exosomer, kan reglera aktiviteten och specificiteten hos exosomkomplex. I cytoplasman interagerar exosomen med proteiner som binder till AU-rika element , inklusive KRSP och TTP , som stimulerar eller förhindrar RNA-nedbrytning. Nukleära exosomer binder till RNA-bindande proteiner (inklusive MPP6/Mpp6 och C1D/Rrp47 hos människor/jäst) som krävs för bearbetning av flera substrat [7] .
Exosomer interagerar inte bara med enstaka proteiner, utan också med proteinkomplex. En av dem är det cytoplasmatiska Ski-komplexet , som inkluderar RNA-helikas (Ski2); det är involverat i mRNA-nedbrytning [23] . I kärnan styrs bearbetningen av rRNA och små nukleolära RNA med hjälp av exosomer av TRAMP-komplexet , som uppvisar RNA- helikas (Mtr4) och polyadenylerings (Trf4) aktiviteter [24] .
Funktioner
Enzymatiska funktioner
Som visas ovan inkluderar det exosomala komplexet många proteiner med ribonukleasdomäner. Den specifika naturen hos dessa domäner har förändrats under evolutionens gång från bakteriella till arkeala till eukaryota komplex, och olika enzymatiska aktiviteter har gått förlorade eller vunnits. Exosomen fungerar huvudsakligen som ett 3'→5'-exoribonukleas, det vill säga den förstör RNA-molekyler från deras 3'-ände. Exoribonukleaser som utgör exosomen kan antingen vara fosforolytiska (som proteiner som RNas PH) eller, i eukaryoter, hydrolytiska (proteiner som innehåller RNas R- och D-domäner). Fosforolytiska enzymer använder oorganiskt fosfat för att bryta fosfodiesterbindningar och frigöra nukleotiddifosfater. Hydrolytiska enzymer använder vatten för att hydrolysera dessa bindningar för att frigöra nukleotidmonofosfater.
I archaea är Rrp41-proteinet i det exosomala komplexet ett fosforolytiskt exoribonukleas. Det finns tre kopior av detta protein i ringen, de är ansvariga för komplexets aktivitet [9] . I eukaryoter har alla RNase PH-subenheter förlorat sin katalytiska aktivitet, d.v.s. kärnringen i den mänskliga exosomen innehåller inget aktivt enzym [25] . Trots förlusten av katalytisk aktivitet är strukturen av exosomkärnan mycket bevarad från arkea till människor, vilket tyder på att detta komplex är avgörande för cellfunktionen. Hos eukaryoter kompenseras förlusten av fosforolytisk aktivitet av närvaron av hydrolytiska enzymer , som i dessa organismer ger exosomens ribonukleasaktivitet [26] [25] [27] .
Som noterats ovan är de hydrolytiska proteinerna Rrp6 och Rrp44 associerade med jäst och mänskliga exosomer; dessutom kan Rrp6 och två olika proteiner, Dis3 och Dis3L1, binda till exosomen vid platsen för jäst Rrp44-proteinet [19] [20] . Även om man ursprungligen trodde att proteiner innehållande S1-domänen uppvisade 3'→5'-exoribonukleasaktivitet, har förekomsten av denna aktivitet i dessa proteiner nyligen ifrågasatts, och dessa proteiner kan endast spela en roll för att binda substratet till komplexet före till försämring [26] .
Substrat
Exosomer är involverade i nedbrytningen och bearbetningen av många RNA; i cellcytoplasman är de involverade i mRNA-omsättningen. Exosomer kan bryta ner mRNA som har märkts för nedbrytning på grund av de fel de innehåller genom interaktion med proteiner som ger nonsens-medierat sönderfall och non-stop sönderfall . Å andra sidan är nedbrytning ett viktigt steg i mRNA:s livscykel. Flera proteiner som stabiliserar eller destabiliserar mRNA genom bindning till AU-rika element belägna i den 3'-otranslaterade regionen av mRNA interagerar med exosomkomplexet [28] [29] [30] . I kärnan krävs exosomer för normal bearbetning av flera typer av små nukleära RNA [31] . De flesta exosomer finns i kärnan. Här är de involverade i bearbetningen av 5,8S rRNA (den första identifierade funktionen av exosomer) och några små nukleolära RNA [1] [31] [32] .
Även om de flesta celler har andra enzymer som bryter ned RNA från deras 3'- eller 5'-ändar, är exosomer väsentliga för cellöverlevnad. Om uttrycket av exosomala proteiner artificiellt reduceras eller stoppas, till exempel av RNA-interferens , slutar cellen att växa och dör snart. Exosomen kräver 9 kärnproteiner och 2 huvudsakliga exosomassocierade proteiner [34] . Bakterier har inga exosomer, men liknande funktioner utförs av ett enklare komplex som innehåller RNPase-proteinet, degradosomen [35] .
Exosomen är huvudkomplexet som ger kvalitetskontroll av cellulärt RNA. Till skillnad från prokaryoter har eukaryoter mycket aktiva system som kontrollerar cellulärt RNA och känner igen obearbetade eller felbearbetade RNA-proteinkomplex (som ribosomer ) innan de lämnar kärnan. Man tror att dessa system förhindrar deltagande av defekta komplex i viktiga cellulära processer, såsom proteinsyntes [ 36] .
I epidermis har exosomer visat sig selektivt bryta ned mRNA som kodar för differentieringsinducerande transkriptionsfaktorer (i synnerhet transkriptionsfaktorn GRHL3) . Detta säkerställer förmågan hos progenitorceller i epidermis att förbli i ett odifferentierat tillstånd, vilket är nödvändigt för att upprätthålla deras förmåga att föröka sig [33] .
Förutom att vara involverade i RNA-bearbetning, cirkulation och kvalitetskontroll spelar exosomer en viktig roll i nedbrytningen av de så kallade kryptiska instabila transkripten (CUT), som läses från tusentals loci i jäst [37] [38] . Vikten av dessa instabila RNA och deras nedbrytning är fortfarande okänd, men liknande RNA har också identifierats i mänskliga celler [39] .
Klinisk betydelse
Autoimmuna sjukdomar
Exosomala komplex riktas mot antikroppar hos patienter som lider av olika autoimmuna sjukdomar. Sådana autoantikroppar finns främst hos personer som lider av skleromyosit - en autoimmun sjukdom där patienter har symtom på sklerodermi och polymyosit eller dermatomyosit [40] . Närvaron av autoantikroppar i plasma hos patienter kan bestämmas med olika metoder. Tidigare har dubbel immundiffusion med användning av kalvtymusextrakt , immunfluorescens i HEp -2-celler eller immunoutfällning av humana cellextrakt mest använts för detta ändamål . Under immunoutfällning av blodplasma med plasma innehållande anti-exosomala antikroppar, inträffade utfällning av en viss uppsättning proteiner. Långt innan upptäckten av exosomer kallades sådana utfällande komplex PM/Scl-komplex [41] . Immunfluorescens med användning av plasma från dessa patienter visar en karakteristisk färgning av cellkärnan, vilket tyder på att antigenet som känns igen av autoantikroppar kan spela en viktig roll i ribosomsyntesen [42] . Nyligen har rekombinanta exosomala proteiner blivit tillgängliga och har använts för att utveckla en linjär immunoanalys och enzymkopplad immunosorbentanalys (ELISA) för att detektera närvaron av dessa antikroppar [7] .
I sådana autoimmuna sjukdomar riktas antikroppar primärt mot två exosomala komplexproteiner: PM/Scl-100 (ett RNas D-liknande protein) och PM/Scl-75 (ett av de RNas PH-liknande ringproteinerna). Antikroppar som känner igen dessa proteiner finns hos cirka 30 % av patienterna med skleromyosit [43] . Även om dessa två proteiner är huvudmålen för autoantikroppar, kan andra exosomala subenheter och associerade proteiner (t.ex. C1D ) påverkas hos dessa patienter [44] [45] . För närvarande är den mest känsliga metoden för att detektera dessa antikroppar att använda en peptid som härrör från PM/Scl-100-proteinet, snarare än hela proteinet, som ELISA-antigen. Med denna metod detekteras autoantikroppar hos 55 % av patienterna med skleromyosit, men de kan också detekteras hos patienter som endast lider av sklerodermi, polymyosit eller dermatomyosit [46] .
Även om autoantikroppar förekommer hos patienter som har drag av flera olika autoimmuna sjukdomar, varierar de kliniska manifestationerna av dessa sjukdomar kraftigt. De vanligast observerade symtomen tenderar att vara typiska för autoimmuna sjukdomar; sådana symtom inkluderar Raynauds sjukdom , artrit , myosit och sklerodermi [47] . Behandlingen är symtomatisk och liknar den för andra autoimmuna sjukdomar, ofta med immunsuppressiva och immunmodulerande läkemedel [48] .
Cancerbehandling
Det har visat sig att exosomes arbete hämmas av antimetaboliten 5-fluorouracil , ett kemoterapiläkemedel mot cancer . Det är ett av de mest effektiva läkemedlen för behandling av stora tumörer . I jäst behandlad med 5-fluorouracil observerades defekter i rRNA-bearbetning, liknande de som inträffade när exosomaktivitet blockerades med molekylärbiologiska metoder. Brist på korrekt rRNA-bearbetning är dödlig för celler, vilket förklarar läkemedlets effektivitet [49] .
Neurologiska störningar
Mutationer i exosomal komponent 3 orsakar medfödd ryggmärgsmotorneuronsjukdom , cerebellär atrofi , progressiv mikrocefali och allvarlig utvecklingsförsening, vilket är karakteristiskt för cerebellopontin hypoplasi typ 1B [50] .
Exosom subenhet nomenklatur
Nomenklatur för subenheter av det exosomala komplexet [25] [51] [52] [53]
Nej.
|
Underenhet
|
Domän
|
Mänsklig
|
Jäst
|
Archaea
|
MW (kD)
|
mänsklig gen
|
Jästgen
|
ett |
Csl4 |
S1 RBD |
hCsl4 |
Csl4p/Ski4p |
Csl4 |
21-32 |
EXOSC1 |
YNL232W
|
2 |
Rrp4 |
S1/KH RBD |
hRrp4 |
Rrp4p |
Rrp4 |
28-39 |
EXOSC2 |
YHR069C
|
3 |
Rrp40 |
S1/KH RBD |
hRrp40 |
Rrp40p |
(Rrp4) A |
27-32 |
EXOSC3 |
YOL142W
|
fyra |
Rrp41 |
RNase PH |
hRrp41 |
Rrp41p/Ski6p |
Rrp41 C |
26-28 |
EXOSC4 |
YGR195W
|
5 |
Rrp46 |
RNase PH |
hRrp46 |
Rrp46p |
(Rrp41) A, C |
25-28 |
EXOSC5 |
YGR095C
|
6 |
mtr3 |
RNase PH |
hMtr3 |
Mtr3p |
(Rrp41) A, C |
24-37 |
EXOSC6 |
YGR158C
|
7 |
Rrp42 |
RNase PH |
hRrp42 |
Rrp42p |
Rrp42 |
29-32 |
EXOSC7 |
YDL111C
|
åtta |
Rrp43 |
RNase PH |
OIP2 |
Rrp43p |
(Rrp42) A |
30-44 |
EXOSC8 |
YCR035C
|
9 |
Rrp45 |
RNase PH |
PM/Scl-75 |
Rrp45p |
(Rrp42) A |
34-49 |
EXOSC9 |
YDR280W
|
tio |
Rrp6 |
RNase D |
PM/Scl- 100C |
Rrp6p C |
n/a |
84-100 |
EXOSC10 |
YOR001W
|
elva |
Rrp44 |
RNase R |
Dis3 B, C
Dis3L1 B, C
|
Rrp44p/Dis3p C |
n/a |
105-113 |
DIS3
DIS3L1
|
YOL021C
|
- A I archaea finns flera exosomproteiner närvarande i flera kopior (för att bilda exosomkomplexets fullständiga arkitektur).
- B Hos människor kan denna position av komplexet innehålla två olika proteiner: antingen Dis3L1 (om exosomen finns i cytoplasman) eller Dis3 (om exosomen är i kärnan).
- C Deltar i komplexets ribonukleasaktivitet.
Anteckningar
- ↑ 1 2 Mitchell P. , Petfalski E. , Shevchenko A. , Mann M. , Tollervey D. Exosomen: ett konserverat eukaryot RNA-bearbetningskomplex innehållande multipla 3'-->5' exoribonukleaser. (engelska) // Cell. - 1997. - Vol. 91, nr. 4 . - s. 457-466. — PMID 9390555 .
- ↑ Allmang C. , Petfalski E. , Podtelejnikov A. , Mann M. , Tollervey D. , Mitchell P. Jästexosomen och humant PM-Scl är besläktade komplex av 3' --> 5' exonukleaser. (engelska) // Gener och utveckling. - 1999. - Vol. 13, nr. 16 . - P. 2148-2158. — PMID 10465791 .
- ↑ Brouwer R. , Allmang C. , Raijmakers R. , van Aarssen Y. , Egberts WV , Petfalski E. , van Venrooij WJ , Tollervey D. , Pruijn GJ Tre nya komponenter i den mänskliga exosomen. (engelska) // The Journal of biological chemistry. - 2001. - Vol. 276, nr. 9 . - P. 6177-6184. - doi : 10.1074/jbc.M007603200 . — PMID 11110791 .
- ↑ Chen CY , Gherzi R. , Ong SE , Chan EL , Raijmakers R. , Pruijn GJ , Stoecklin G. , Moroni C. , Mann M. , Karin M. AU-bindande proteiner rekryterar exosomen för att bryta ned ARE-innehållande mRNA. (engelska) // Cell. - 2001. - Vol. 107, nr. 4 . - s. 451-464. — PMID 11719186 .
- ↑ Koonin EV , Wolf YI , Aravind L. Förutsägelse av den arkeala exosomen och dess kopplingar med proteasomen och översättnings- och transkriptionsmaskinerierna genom ett jämförande genomiskt tillvägagångssätt. (engelska) // Genomforskning. - 2001. - Vol. 11, nr. 2 . - S. 240-252. - doi : 10.1101/gr.162001 . — PMID 11157787 .
- ↑ Evguenieva-Hackenberg E. , Walter P. , Hochleitner E. , Lottspeich F. , Klug G. Ett exosomliknande komplex i Sulfolobus solfataricus. (engelska) // EMBO rapporterar. - 2003. - Vol. 4, nr. 9 . - s. 889-893. - doi : 10.1038/sj.embor.embor929 . — PMID 12947419 .
- ↑ 1 2 3 4 5 6 Schilders G. , van Dijk E. , Raijmakers R. , Pruijn GJ Exosomens cell- och molekylärbiologi: hur man gör eller bryter ett RNA. (engelska) // International review of cytology. - 2006. - Vol. 251. - S. 159-208. - doi : 10.1016/S0074-7696(06)51005-8 . — PMID 16939780 .
- ↑ Lorentzen E. , Walter P. , Fribourg S. , Evguenieva-Hackenberg E. , Klug G. , Conti E. Den arkeala exosomkärnan är en hexamerisk ringstruktur med tre katalytiska subenheter. (engelska) // Naturens strukturella & molekylära biologi. - 2005. - Vol. 12, nr. 7 . - s. 575-581. doi : 10.1038 / nsmb952 . — PMID 15951817 .
- ↑ 1 2 Shen V. , Kiledjian M. A view to a kill: struktur av RNA-exosomen. (engelska) // Cell. - 2006. - Vol. 127, nr. 6 . - s. 1093-1095. - doi : 10.1016/j.cell.2006.11.035 . — PMID 17174886 .
- ↑ Raijmakers R. , Egberts WV , van Venrooij WJ , Pruijn GJ Protein-proteininteraktioner mellan mänskliga exosomkomponenter stödjer sammansättningen av subenheter av RNase PH-typ till en sexledad PNPas-liknande ring. (engelska) // Journal of molecular biology. - 2002. - Vol. 323, nr. 4 . - s. 653-663. — PMID 12419256 .
- ↑ Walter P. , Klein F. , Lorentzen E. , Ilchmann A. , Klug G. , Evguenieva-Hackenberg E. Karakterisering av inhemska och rekonstituerade exosomkomplex från den hypertermofila arkeonen Sulfolobus solfataricus. (engelska) // Molecular microbiology. - 2006. - Vol. 62, nr. 4 . - s. 1076-1089. - doi : 10.1111/j.1365-2958.2006.05393.x . — PMID 17078816 .
- ↑ Ishii R. , Nureki O. , Yokoyama S. Kristallstruktur av tRNA-bearbetningsenzymet RNase PH från Aquifex aeolicus. (engelska) // The Journal of biological chemistry. - 2003. - Vol. 278, nr. 34 . - P. 32397-32404. - doi : 10.1074/jbc.M300639200 . — PMID 12746447 .
- ↑ Harlow LS , Kadziola A. , Jensen KF , Larsen S. Kristallstruktur av det fosforolytiska exoribonukleaset RNase PH från Bacillus subtilis och implikationer för dess kvartära struktur och tRNA-bindning. (engelska) // Protein science: en publikation av Protein Society. - 2004. - Vol. 13, nr. 3 . - s. 668-677. - doi : 10.1110/ps.03477004 . — PMID 14767080 .
- ↑ Symmons MF , Jones GH , Luisi BF Ett duplicerat veck är den strukturella grunden för polynukleotidfosforylas katalytisk aktivitet, processivitet och reglering. (engelska) // Structure (London, England: 1993). - 2000. - Vol. 8, nr. 11 . - P. 1215-1226. — PMID 11080643 .
- ↑ Lin-Chao S. , Chiou NT , Schuster G. PNPase-, exosom- och RNA-helikaserna som byggkomponenter i evolutionärt konserverade RNA-nedbrytningsmaskiner. (engelska) // Journal of biomedical science. - 2007. - Vol. 14, nr. 4 . - s. 523-532. - doi : 10.1007/s11373-007-9178-y . — PMID 17514363 .
- ↑ Lebreton A. , Tomecki R. , Dziembowski A. , Séraphin B. Endonukleolytisk RNA-klyvning av en eukaryot exosom. (engelska) // Nature. - 2008. - Vol. 456, nr. 7224 . - s. 993-996. - doi : 10.1038/nature07480 . — PMID 19060886 .
- ↑ Schneider C. , Leung E. , Brown J. , Tollervey D. Den N-terminala PIN-domänen av exosomsubenheten Rrp44 hyser endonukleasaktivitet och binder Rrp44 till jästkärnexosomen. (engelska) // Nukleinsyraforskning. - 2009. - Vol. 37, nr. 4 . - P. 1127-1140. - doi : 10.1093/nar/gkn1020 . — PMID 19129231 .
- ↑ Schneider C. , Anderson JT , Tollervey D. Exosomsubenheten Rrp44 spelar en direkt roll i RNA-substratigenkänning. (engelska) // Molecular cell. - 2007. - Vol. 27, nr. 2 . - s. 324-331. - doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.006 . — PMID 17643380 .
- ↑ 1 2 Staals RH , Bronkhorst AW , Schilders G. , Slomovic S. , Schuster G. , Heck AJ , Raijmakers R. , Pruijn GJ Dis3-liknande 1: ett nytt exoribonukleas associerat med den mänskliga exosomen. (engelska) // The EMBO journal. - 2010. - Vol. 29, nr. 14 . - P. 2358-2367. - doi : 10.1038/emboj.2010.122 . — PMID 20531389 .
- ↑ 1 2 Tomecki R. , Kristiansen MS , Lykke-Andersen S. , Chlebowski A. , Larsen KM , Szczesny RJ , Drazkowska K. , Pastula A. , Andersen JS , Stepien PP , Dziembowski A. , Jensen THome Den mänskliga kärnan exosos interagerar med differentiellt lokaliserade processiva RNaser: hDIS3 och hDIS3L. (engelska) // The EMBO journal. - 2010. - Vol. 29, nr. 14 . - P. 2342-2357. - doi : 10.1038/emboj.2010.121 . — PMID 20531386 .
- ↑ Mian IS Jämförande sekvensanalys av ribonukleaserna HII, III, II PH och D. // Nukleinsyraforskning. - 1997. - Vol. 25, nr. 16 . - P. 3187-3195. — PMID 9241229 .
- ↑ Raijmakers R. , Schilders G. , Pruijn GJ Exosomen, en molekylär maskin för kontrollerad RNA-nedbrytning i både kärna och cytoplasma. (engelska) // European journal of cell biology. - 2004. - Vol. 83, nr. 5 . - S. 175-183. - doi : 10.1078/0171-9335-00385 . — PMID 15346807 .
- ↑ Wang L. , Lewis MS , Johnson AW Domäninteraktioner inom Ski2/3/8-komplexet och mellan Ski-komplexet och Ski7p. (engelska) // RNA (New York, NY). - 2005. - Vol. 11, nr. 8 . - P. 1291-1302. - doi : 10.1261/rna.2060405 . — PMID 16043509 .
- ↑ LaCava J. , Houseley J. , Saveanu C. , Petfalski E. , Thompson E. , Jacquier A. , Tollervey D. RNA-nedbrytning av exosomen främjas av ett nukleärt polyadenyleringskomplex. (engelska) // Cell. - 2005. - Vol. 121, nr. 5 . - s. 713-724. - doi : 10.1016/j.cell.2005.04.029 . — PMID 15935758 .
- ↑ 1 2 3 Liu Q. , Greimann JC , Lima CD Rekonstitution, aktiviteter och struktur av den eukaryota RNA-exosomen. (engelska) // Cell. - 2006. - Vol. 127, nr. 6 . - P. 1223-1237. - doi : 10.1016/j.cell.2006.10.037 . — PMID 17174896 .
- ↑ 1 2 Dziembowski A. , Lorentzen E. , Conti E. , Séraphin B. En enda subenhet, Dis3, är i huvudsak ansvarig för jästexosomens kärnaktivitet. (engelska) // Naturens strukturella & molekylära biologi. - 2007. - Vol. 14, nr. 1 . - S. 15-22. doi : 10.1038 / nsmb1184 . — PMID 17173052 .
- ↑ Lorentzen E. , Conti E. Strukturell grund för 3'-änds RNA-igenkänning och exoribonukleolytisk klyvning av en exosom RNas PH-kärna. (engelska) // Molecular cell. - 2005. - Vol. 20, nej. 3 . - s. 473-481. - doi : 10.1016/j.molcel.2005.10.020 . — PMID 16285928 .
- ↑ Lejeune F. , Li X. , Maquat LE Nonsensmedierad mRNA-nedbrytning i däggdjursceller involverar avkapsling, deadenylerande och exonukleolytiska aktiviteter. (engelska) // Molecular cell. - 2003. - Vol. 12, nr. 3 . - s. 675-687. — PMID 14527413 .
- ↑ Wilson MA , Meaux S. , van Hoof A. En genomisk screening i jäst avslöjar nya aspekter av nonstop mRNA-metabolism. (engelska) // Genetik. - 2007. - Vol. 177, nr. 2 . - s. 773-784. - doi : 10.1534/genetics.107.073205 . — PMID 17660569 .
- ↑ Lin WJ , Duffy A. , Chen CY Lokalisering av AU-rikt element-innehållande mRNA i cytoplasmatiska granuler som innehåller exosomsubenheter. (engelska) // The Journal of biological chemistry. - 2007. - Vol. 282, nr. 27 . - P. 19958-19968. - doi : 10.1074/jbc.M702281200 . — PMID 17470429 .
- ↑ 1 2 Allmang C. , Kufel J. , Chanfreau G. , Mitchell P. , Petfalski E. , Tollervey D. Exosomens funktioner i rRNA-, snoRNA- och snRNA-syntes. (engelska) // The EMBO journal. - 1999. - Vol. 18, nr. 19 . - P. 5399-5410. - doi : 10.1093/emboj/18.19.5399 . — PMID 10508172 .
- ↑ Schilders G. , Raijmakers R. , Raats JM , Pruijn GJ MPP6 är ett exosomassocierat RNA-bindande protein involverat i 5.8S rRNA-mognad. (engelska) // Nukleinsyraforskning. - 2005. - Vol. 33, nr. 21 . - P. 6795-6804. doi : 10.1093 / nar/gki982 . — PMID 16396833 .
- ↑ 1 2 Mistry DS , Chen Y. , Sen GL Progenitorfunktion i självförnyande mänsklig epidermis upprätthålls av exosomen. (eng.) // Cellstamcell. - 2012. - Vol. 11, nr. 1 . - S. 127-135. - doi : 10.1016/j.stem.2012.04.022 . — PMID 22770246 .
- ↑ van Dijk EL , Schilders G. , Pruijn GJ Human celltillväxt kräver en funktionell cytoplasmatisk exosom, som är involverad i olika mRNA-sönderfallsvägar. (engelska) // RNA (New York, NY). - 2007. - Vol. 13, nr. 7 . - P. 1027-1035. - doi : 10.1261/rna.575107 . — PMID 17545563 .
- ↑ Carpousis AJ Escherichia coli RNA-degradosomen: struktur, funktion och förhållande i andra ribonukleolytiska multienzymkomplex. (engelska) // Biochemical Society transaktioner. - 2002. - Vol. 30, nej. 2 . - S. 150-155. — PMID 12035760 .
- ↑ Houseley J. , LaCava J. , Tollervey D. RNA-kvalitetskontroll av exosomen. (engelska) // Naturrecensioner. Molekylär cellbiologi. - 2006. - Vol. 7, nr. 7 . - s. 529-539. - doi : 10.1038/nrm1964 . — PMID 16829983 .
- ↑ Wyers F. , Rougemaille M. , Badis G. , Rousselle JC , Dufour ME , Boulay J. , Régnault B. , Devaux F. , Namane A. , Séraphin B. , Libri D. , Jacquier A. Kryptiska pol II-avskrifter bryts ned av en nukleär kvalitetskontrollväg som involverar ett nytt poly(A)-polymeras. (engelska) // Cell. - 2005. - Vol. 121, nr. 5 . - s. 725-737. - doi : 10.1016/j.cell.2005.04.030 . — PMID 15935759 .
- ↑ Neil H. , Malabat C. , d'Aubenton-Carafa Y , Xu Z. , Steinmetz LM , Jacquier A. Utbredda dubbelriktade promotorer är huvudkällan till kryptiska transkript i jäst. (engelska) // Nature. - 2009. - Vol. 457, nr. 7232 . - P. 1038-1042. - doi : 10.1038/nature07747 . — PMID 19169244 .
- ↑ Preker P. , Nielsen J. , Kammler S. , Lykke-Andersen S. , Christensen MS , Mapendano CK , Schierup MH , Jensen TH RNA-exosomutarmning avslöjar transkription uppströms om aktiva humana promotorer. (engelska) // Science (New York, NY). - 2008. - Vol. 322, nr. 5909 . - P. 1851-1854. - doi : 10.1126/science.1164096 . — PMID 19056938 .
- ↑ Påven JE Sklerodermiöverlappningssyndrom. (engelska) // Aktuell åsikt inom reumatologi. - 2002. - Vol. 14, nr. 6 . - s. 704-710. — PMID 12410095 .
- ↑ Gelpi C. , Algueró A. , Angeles Martinez M. , Vidal S. , Juarez C. , Rodriguez-Sanchez JL Identifiering av proteinkomponenter som är reaktiva med anti-PM/Scl-autoantikroppar. (engelska) // Klinisk och experimentell immunologi. - 1990. - Vol. 81, nr. 1 . - S. 59-64. — PMID 2199097 .
- ↑ Targoff IN , Reichlin M. Nukleolär lokalisering av PM-Scl-antigenet. (engelska) // Artrit och reumatism. - 1985. - Vol. 28, nr. 2 . - S. 226-230. — PMID 3918546 .
- ↑ Raijmakers R. , Renz M. , Wiemann C. , Egberts WV , Seelig HP , van Venrooij WJ , Pruijn GJ PM-Scl-75 är det huvudsakliga autoantigenet hos patienter med polymyosit/sklerodermi överlappningssyndrom. (engelska) // Artrit och reumatism. - 2004. - Vol. 50, nej. 2 . - s. 565-569. - doi : 10.1002/art.20056 . — PMID 14872500 .
- ↑ Brouwer R. , Vree Egberts WT , Hengstman GJ , Raijmakers R. , van Engelen BG , Seelig HP , Renz M. , Mierau R. , Genth E. , Pruijn GJ , van Venrooij WJ Autoantikroppar riktade mot nya komponenter i PM/ Scl-komplex, den mänskliga exosomen. (engelska) // Artritforskning. - 2002. - Vol. 4, nr. 2 . - S. 134-138. — PMID 11879549 .
- ↑ Schilders G. , Egberts WV , Raijmakers R. , Pruijn GJ C1D är ett viktigt mål för autoantikroppar hos patienter med överlappning av polymyosit-sklerodermisyndrom. (engelska) // Artrit och reumatism. - 2007. - Vol. 56, nr. 7 . - P. 2449-2454. - doi : 10.1002/art.22710 . — PMID 17599775 .
- ↑ Mahler M. , Raijmakers R. , Dähnrich C. , Blüthner M. , Fritzler M. J. Klinisk utvärdering av autoantikroppar mot ett nytt PM/Scl-peptidantigen. (engelska) // Artritforskning och terapi. - 2005. - Vol. 7, nr. 3 . - s. 704-713. doi : 10.1186 / ar1729 . — PMID 15899056 .
- ↑ Mahler M. , Raijmakers R. Nya aspekter av autoantikroppar mot PM/Scl-komplexet: kliniska, genetiska och diagnostiska insikter. (engelska) // Autoimmunitetsrecensioner. - 2007. - Vol. 6, nr. 7 . - s. 432-437. - doi : 10.1016/j.autrev.2007.01.013 . — PMID 17643929 .
- ↑ Jablonska S. , Blaszczyk M. Scleromyositis: a scleroderma/polymyosit overlap syndrome. (engelska) // Klinisk reumatologi. - 1998. - Vol. 17, nr. 6 . - s. 465-467. — PMID 9890673 .
- ↑ Lum PY , Armor CD , Stepaniants SB , Cavet G. , Wolf MK , Butler JS , Hinshaw JC , Garnier P. , Prestwich GD , Leonardson A. , Garrett-Engele P. , Rush CM , Bard M. , Schimmack G. , Phillips JW , Roberts CJ , Shoemaker DD Upptäcker verkningssätt för terapeutiska föreningar genom att använda en genomomfattande screening av jästheterozygoter. (engelska) // Cell. - 2004. - Vol. 116, nr. 1 . - S. 121-137. — PMID 14718172 .
- ↑ Wan J. , Yourshaw M. , Mamsa H. , Rudnik-Schöneborn S. , Menezes MP , Hong JE , Leong DW , Senderek J. , Salman MS , Chitayat D. , Seeman P. , von Moers A. , Graul- Neumann L. , Kornberg AJ , Castro-Gago M. , Sobrido MJ , Sanefuji M. , Shieh PB , Salamon N. , Kim RC , Vinters HV , Chen Z. , Zerres K. , Ryan MM , Nelson SF , Jen JC Mutations i RNA exosomkomponentgenen EXOSC3 orsakar pontocerebellär hypoplasi och spinal motorneurondegeneration. (engelska) // Naturgenetik. - 2012. - Vol. 44, nr. 6 . - s. 704-708. - doi : 10.1038/ng.2254 . — PMID 22544365 .
- ↑ Sloan KE , Schneider C. , Watkins NJ Jämförelse av jäst- och mänskliga nukleära exosomkomplex. (engelska) // Biochemical Society transaktioner. - 2012. - Vol. 40, nej. 4 . - S. 850-855. - doi : 10.1042/BST20120061 . — PMID 22817747 .
- ↑ Houseley J. , Tollervey D. De många vägarna för RNA-nedbrytning. (engelska) // Cell. - 2009. - Vol. 136, nr. 4 . - s. 763-776. - doi : 10.1016/j.cell.2009.01.019 . — PMID 19239894 .
- ↑ Kiss DL , Andrulis ED Exozymmodellen: ett kontinuum av funktionellt distinkta komplex. (engelska) // RNA (New York, NY). - 2011. - Vol. 17, nr. 1 . - S. 1-13. doi : 10.1261 /rna.2364811 . — PMID 21068185 .
Litteratur
- Schilders G. , Pruijn GJ Biokemiska studier av däggdjursexosomen med intakta celler. (engelska) // Metoder i enzymologi. - 2008. - Vol. 448.-P. 211-226. - doi : 10.1016/S0076-6879(08)02611-6 . — PMID 19111178 .
- Houseley J. , Tollervey D. Det nukleära RNA-övervakningsmaskineriet: kopplingen mellan ncRNA och genomstruktur i spirande jäst? (engelska) // Biochimica et biophysica acta. - 2008. - Vol. 1779, nr. 4 . - S. 239-246. - doi : 10.1016/j.bbagrm.2007.12.008 . — PMID 18211833 .
- Vanacova S. , Stefl R. Exosom- och RNA-kvalitetskontrollen i kärnan. (engelska) // EMBO rapporterar. - 2007. - Vol. 8, nr. 7 . - s. 651-657. - doi : 10.1038/sj.embor.7401005 . — PMID 17603538 .
- Houseley J. , LaCava J. , Tollervey D. RNA-kvalitetskontroll av exosomen. (engelska) // Naturrecensioner. Molekylär cellbiologi. - 2006. - Vol. 7, nr. 7 . - s. 529-539. - doi : 10.1038/nrm1964 . — PMID 16829983 .
- Büttner K. , Wenig K. , Hopfner KP Exosomen: en makromolekylär bur för kontrollerad RNA-nedbrytning. (engelska) // Molecular microbiology. - 2006. - Vol. 61, nr. 6 . - P. 1372-1379. - doi : 10.1111/j.1365-2958.2006.05331.x . — PMID 16968219 .
- Lorentzen E. , Conti E. Exosomen och proteasomen: nanokompartment för nedbrytning. (engelska) // Cell. - 2006. - Vol. 125, nr. 4 . - s. 651-654. - doi : 10.1016/j.cell.2006.05.002 . — PMID 16713559 .
- Pruijn GJ Donuts som handlar om RNA. (engelska) // Naturens strukturella & molekylära biologi. - 2005. - Vol. 12, nr. 7 . - s. 562-564. - doi : 10.1038/nsmb0705-562 . — PMID 15999107 .
- Pereira P. , Arraiano CM En precisions-RNA-nedbrytningsmaskin formar stamcellsutveckling. (engelska) // The Journal Of Cell Biology. - 2019. - 19 juli. - doi : 10.1083/jcb.201906115 . — PMID 31324648 .
- Fraga de Andrade I. , Mehta C. , Bresnick EH Post-transkriptionell kontroll av cellulär differentiering av RNA-exosomkomplexet. (engelska) // Nucleic Acids Research. - 2020. - 29 oktober. doi :/ nar/gkaa883 . — PMID 33119769 .
Länkar