Colimovirus
Colimovirus [2] ( lat. Caulimoviridae ) är en familj av DNA-innehållande växtvirus med en omvänd transkriptionsmekanism och dubbelsträngat DNA , det vill säga virus som innehåller ett omvänt transkriptionsstadium i sin replikationscykel.
Struktur av virioner
Virionen är enkel, utan lipidhölje. Nukleokapsidens morfologi representeras av två huvudformer: stavformad och icosaedrisk. Nukleokapsidens form beror på virusets storlek. De stavformade virionerna är cirka 35–50 nm i diameter och kan bli upp till 900 nm långa. Den ikosaedriska kapsiden är 45–50 nm i diameter och ungefär lika lång.
Genomstruktur och replikering
Genomet av detta virus är ett osegmenterat linjärt eller cykliskt dubbelsträngat DNA . Genomstorleken är cirka 6–8 kbs. Beroende på viruset kan genomet antingen ha en öppen läsram (ORF), som i Petuvirus , eller mer än åtta, som i Soymovirus . Genomet av denna virala familj kodar för följande proteiner: omvänt transkriptas , proteas , strukturella proteiner, såväl som andra proteiner med okända funktioner, men på ett eller annat sätt som är nödvändiga för virusreplikation .
Replikation sker både i cytoplasman och i värdcellens kärna. Först kommer det virala genomet in i cytoplasman. Där bildar den en superlindad minkromosom. Det transkriberar virusets mRNA , vilket är redundant (eftersom det uttrycks två gånger i vissa delar av genomet). Detta transkriberade RNA kommer in i cytoplasman, där det spelar två roller. Det kan antingen användas som en mall för translation av virala proteiner eller omvänt transkriberas till dsDNA med användning av viralt reversetas . Eftersom dessa virus har mycket gemensamt med retrovirus , grupperas de ofta tillsammans som pararetrovirus. Det finns dock en viktig skillnad här mellan retrovirus och virus i familjen Caulimoviridae . Till skillnad från retrovirus, integrerar de inte sitt genom i kromosomerna , eftersom deras genom inte kodar för integrasenzymet .
Det finns dock arter av Colimovirus-familjen, såsom Petunia venclearing virus , som ibland (främst under stressiga förhållanden) kan integrera sitt genom i det ekonomiska genomet [3] . Typiskt hänvisas sådana provirus ofta till som endogena pararetrovirus (EPRV).
Klassificering
Enligt International Committee on the Taxonomy of Viruses (ICTV) inkluderar familjen från och med mars 2016 8 släkten [4] :
- Släktet Badnavirus ( 40 arter)
- Typ art av Commelina gulfläckvirus
- Släktet Caulimovirus ( 11 arter)
- Typ art Blomkålsmosaikvirus
- Släktet Cavemovirus ( 2 arter)
- Typ art Cassava ven mosaic virus
- Släktet Petuvirus ( 1 art)
- Art Petunia ven clearing virus
- Släktet Rosadnavirus ( 1 art)
- Släktet Solendovirus ( 2 arter)
- Typ art Tobacco ven clearing virus
- Genus Soymovirus (4 arter)
- Typarter Sojabönsklorotiska fläckvirus
- Släktet Tungrovirus ( 1 art)
- Art Rice tungro bacilliform virus
Den rosa gula venvirusarten har en ovanlig genomorganisation som gör den till en unik art [5] .
Anteckningar
- ↑ Taxonomy of Viruses på webbplatsen för International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) .
- ↑ Pinevich A.V. , Sirotkin A.K. , Gavrilova O.V. , Potekhin A.A. Virologi: lärobok. - St Petersburg. : St. Petersburg University Press, 2012. - S. 275. - ISBN 978-5-288-05328-3 .
- ↑ Harper G., Hull R., Lockhart B. och Olszewski N. (2002). Virala sekvenser integrerade i växtgenom. Annual Review of Phytopathology 40 : 119-136. doi : 10.1146/annurev.phyto.40.120301.105642 . PMID 12147756 .
- ↑ Taxonomy of Viruses på webbplatsen för International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) . (Tillgänglig: 26 mars 2017) .
- ↑ Mollov D., Lockhart B., Zlesak DC, Olszewski N. (2012). Komplett nukleotidsekvens av rosagul venvirus, en medlem av familjen Caulimoviridae som har en ny genomorganisation. Arch Virol .
Länkar
Klassificering av virus enligt Baltimore |
---|
DNA | I: virus |
---|
Adnaviria | |
---|
Duplodnaviria | |
---|
Monodnaviria | |
---|
Varidnaviria | Bamfordvirae | Nucleocytoviricota | Pokkesviricetes | |
---|
Megaviricetes | Algavirales |
|
---|
Imitervirales |
|
---|
Pimascovirales |
|
---|
|
---|
|
---|
Preplasmiviricota | |
---|
|
---|
Helvetiavirae | Dividoviricota | Laserviricetes | Halopanivirales |
- Matshushitaviridae
- Simuloviridae
- Sphaerolipoviridae
|
---|
|
---|
|
---|
|
---|
|
---|
Oklassificerad | Naldaviricetes | Lefavirales |
|
---|
Oklassificerad |
|
---|
|
---|
Oklassificerad |
- familj : Ampullaviridae
- Bicaudaviridae
- Clavaviridae
- Fuselloviridae
- Globuloviridae
- Guttaviridae
- Halspiviridae
- Ovaliviridae
- Plasmaviridae
- Polydnaviridae
- Portogloboviridae
- Thaspiviridae
- Släkten : Dinodnavirus
- Rhizidiovirus
|
---|
|
---|
|
| II: DNA-virus |
---|
Monodnaviria | Loebvirae | Hofneiviricota | Faserviricetes | Tubulavirales |
- Inoviridae
- Paulinoviridae
- Plectroviridae }
|
---|
|
---|
|
---|
|
---|
Sangervirae | |
---|
Shotokuvirae | Cossaviricota | |
---|
Cressdnaviricota | Arfiviricetes | Baphyvirales |
|
---|
Cirlivirales |
|
---|
Cremevirales |
|
---|
Mulpavirales |
- Metaxyviridae
- Nanoviridae
|
---|
Recrevirales |
|
---|
|
---|
Repensiviricetes | Geplafuvirales |
- Geminiviridae
- Genomoviridae
|
---|
|
---|
|
---|
|
---|
Trapavirae | |
---|
|
---|
Oklassificerad |
|
---|
|
|
|
---|
RNA | | IV: (+) RNA-virus |
---|
Riboviria | Orthornavirae | Kitrinoviricota | Alsuviricetes | Hepelivirales |
- Alphatetraviridae
- Benyviridae
- Hepeviridae
- Matonaviridae
|
---|
Martellivirales |
|
---|
Tymovirales |
- Alphaflexiviridae
- Betaflexiviridae
- Deltaflexiviridae
- Gammaflexiviridae
- Tymoviridae
|
---|
|
---|
Flasuviricetes | |
---|
Magsaviricetes | Nodamuvirales |
- Nodaviridae
- Sinhaliviridae
|
---|
|
---|
Tolucaviricetes | Tolivirales |
- Carmotetraviridae
- Luteoviridae
- Tombusviridae
|
---|
|
---|
|
---|
Lenarviricota | Leviviricetes | Norzivirales |
- Atkinsviridae
- Duinviridae
- Fiersviridae
- Solspiviridae
|
---|
Timlovirales |
- Blumeviridae
- Steitzviridae
|
---|
|
---|
Amabiliviricetes | |
---|
Howeltoviricetes | |
---|
miaviricetes | |
---|
|
---|
Pisuviricota | Pisoniviricetes | Nidovirales |
- Abyssoviridae
- Arteriviridae
- Cremegaviridae
- Coronaviridae
- Euroniviridae
- Gresnaviridae
- Medioniviridae
- Mesoniviridae
- Mononiviridae
- Nanghoshaviridae
- Nanhypoviridae
- Olifoviridae
- Roniviridae
- Tobaniviridae
|
---|
Picornavirales |
- Picornaviridae
- Marnaviridae
- Solinviviridae
- Caliciviridae
- Flaviridae
- Secoviridae
- Dicistroviridae
- Polycipiviridae
|
---|
Sobelivirales |
- Alvernaviridae
- Barnaviridae
- Solemoviridae
|
---|
|
---|
Stelpaviricetes | |
---|
|
---|
Oklassificerad |
- Familjer : Permutotetraviridae
- Sarthroviridae
|
---|
|
---|
|
---|
|
| |
|
---|
FRÅN | |
---|