Phasmids (från grekiska φάγος - slukar och engelska plasmid , från grekiska πλάσμα - något bildat, bildat) - molekylära vektorer som är artificiella hybrider mellan fag och plasmid . Fasmider efter införandet av främmande DNA kan utvecklas som fager under vissa förhållanden och som plasmider under andra .
En fagemid är en plasmid som innehåller fl- replikationsursprunget för f1 [1] fagen . Den kan användas för att klona vektorn i kombination med den filamentösa bakteriofagen M13 . Phasmid kan replikera som en plasmid och kan också förpackas som enkelsträngat DNA till virala partiklar. Fasmider innehåller ett replikationsursprung (Ori) för dubbelsträngad replikation, samt f1 Ori för att möjliggöra enkelsträngad replikation och packning till fagpartiklar [1] . Många vanligt använda plasmider innehåller fl Ori och är således fasmider. Liksom plasmider används de för att klona DNA-fragment med hjälp av metoder som transformation och elektroporering . Emellertid infektion av en bakteriell värd som innehåller en fasmid med en hjälparfag, såsom VCSM13 eller M13K07, som tillhandahåller de nödvändiga virala komponenterna för att enkelsträngat DNA (ssDNA) ska replikeras och paketeras till fagpartiklar. En hjälparfag infekterar en bakterie genom att först fästa till dess pili och sedan, efter fästning, transporterar dess genom in i värdcellens cytoplasma . Inuti cellen initierar faggenomet produktionen av enkelsträngat fasmid-DNA i cytoplasman. Detta fasmid-DNA förpackas sedan i fagpartiklar. Fagpartiklar som innehåller ssDNA frisätts från bakteriecellen till den extracellulära miljön. Filamentösa fager hämmar bakterietillväxt men till skillnad från λ -fag och T7-fag orsakar de vanligtvis inte lys . Hjälparfager är vanligtvis utformade på ett sådant sätt att DNA-förpackning i dem är mindre effektiv (på grund av ett defekt replikationsursprung) [2] än fasmidförpackning, så att de resulterande fagpartiklarna innehåller övervägande fasmid-DNA. F1 filamentös faginfektion kräver pili, så endast bakterievärdar som innehåller F-plasmiden eller dess derivat kan användas för att producera fagpartiklar. Före utvecklingen av cykelsekvensering användes fasmider för att generera enkelsträngade DNA-mallar. Idag används fortfarande fasmider för att generera mallar för platsspecifik mutagenes . Den detaljerade karakteriseringen av den filamentösa fagens livscykel och strukturella egenskaper har lett till utvecklingen av fagdisplayteknologi , där en rad peptider och proteiner kan uttryckas som faghöljesfusionsproteiner på ytan av en viral partikel. De uttryckta peptiderna och polypeptiderna infogas i motsvarande DNA-kodande region i fagen och därför är denna metod lämplig för att studera protein-proteininteraktioner och andra ligand /receptorkombinationer .
| Nukleinsyratyper _ | ||||
|---|---|---|---|---|
| Kvävehaltiga baser | ||||
| Nukleosider | ||||
| Nukleotider | ||||
| RNA | ||||
| DNA | ||||
| Analoger | ||||
| Vektortyper _ |
| |||
| ||||