Transkriptionsfaktorer

Transkriptionsfaktorer (transkriptionsfaktorer) är proteiner som kontrollerar syntesen av mRNA , såväl som andra typer av RNA [1] på DNA- mallen ( transkription ) genom att binda till specifika DNA-regioner [2] [3] . Transkriptionsfaktorer utför sin funktion antingen ensamma eller i kombination med andra proteiner. De ger en minskning ( repressorer ) eller en ökning ( aktivatorer ) i bindningskonstanten för RNA-polymeras till de reglerande sekvenserna för den reglerade genen [4] [5] [6] .

Det avgörande kännetecknet för transkriptionsfaktorer är närvaron i deras sammansättning av en eller flera DNA-bindande domäner som interagerar med karakteristiska DNA-regioner belägna i de reglerande regionerna av gener. Andra proteiner som spelar en nyckelroll i regleringen av genuttryck , såsom koaktivatorer , histonacetylaser , kinaser , metylaser , har inte DNA-bindande domäner och kan därför inte klassificeras som transkriptionsfaktorer [7] [8] [9] .

Bevarande i olika organismer

Transkriptionsfaktorer är väsentliga för regleringen av genuttryck och finns i alla levande organismer. Deras antal, både absoluta och specifika, ökar med storleken på genomet [10] .

Mer än 2600 proteiner har hittats i det mänskliga genomet som har en DNA-bindande domän, och de flesta av dem är förmodligen transkriptionsfaktorer [11] . Följaktligen kodar cirka 10 % av alla gener i genomet för transkriptionsfaktorer. Således är de den största familjen av mänskliga proteiner [12] . Dessutom regleras aktiviteten hos många gener av företagsinteraktionen mellan ett stort antal olika transkriptionsfaktorer, vilket gör att var och en av generna kan tillhandahålla ett unikt sätt att reglera under utvecklingen av organismen [9] .

Funktioner

Transkriptionsfaktorer är en av grupperna av proteiner som ger läsning och tolkning av genetisk information. De binder DNA och hjälper till att initiera ett program för att öka eller minska gentranskriptionen. Således är de avgörande för kroppens normala funktion på alla nivåer. De viktigaste av de processer där transkriptionsfaktorer är inblandade listas nedan.

Reglering av basal genuttryck

Bakgrundstranskriptionsaktivitet tillhandahålls av en uppsättning TF:er som är gemensamma för alla gener. En viktig klass av eukaryota transkriptionsfaktorer är GTF: er (allmänna transkriptionsfaktorer) [13] [14] . Många av dess representanter binder inte direkt DNA, utan är en del av transkriptionsinitieringskomplexet (pre-initiation complex), som direkt interagerar med RNA-polymeras. De vanligaste GTF:erna är TFIIA , TFIIB , TFIID (binder till den så kallade TATA-boxen ( promotorelement )), TFIIE , TFIIF och TFIIH [ 15] .

Utöver de TF: er som krävs för uttrycket av alla gener, finns det också specifika transkriptionsfaktorer som säkerställer att vissa gener slås på/av vid rätt tidpunkt.

Reglering av ontogeni

Många TF: er av flercelliga organismer är involverade i deras utveckling [16] . Genom att agera i enlighet med det genetiska programmet och/eller som svar på yttre påverkan initierar eller undertrycker de transkriptionen av vissa gener, vilket medför förändringar i cellmorfologi, celldifferentiering, morfogenes , organogenes etc. Till exempel är homeobox TF-familjen kritisk för bildandet av den korrekta kroppsmorfologin i organismer från Drosophila till människor [17] [18] . Mutationer i generna för dessa proteiner ( homeotiska mutationer ) i Drosophila leder till allvarliga störningar i differentieringen av kroppssegment av dessa insekter (till exempel utveckling av ben istället för antenner).

Ett annat exempel på denna grupp av TF: er är genprodukten från den könsbestämmande regionen Y (SRY, könsbestämmande region Y), som spelar en viktig roll vid bestämning av mänskligt kön. [19]

Svar på extracellulära signaler

Den samordnade regleringen av interaktionen mellan celler i en multicellulär organism utförs genom frisättning av speciella molekyler ( hormoner , cytokiner , etc.), som orsakar en signalkaskad i målceller. Om en signal orsakar en förändring i uttrycksnivån för vissa gener, är TF ofta den sista länken i kaskaden [20] . Östrogensignalvägen är ett exempel på en kort kaskad som involverar östrogenreceptortranskriptionsfaktorn: östrogen utsöndras av placenta och äggstocksvävnader, korsar plasmamembranet hos mottagarceller och binder till dess receptor i cytoplasman. Östrogenreceptorn går in i kärnan och binder till en specifik DNA-region, vilket förändrar transkriptionsregleringen av motsvarande gen [21] .

Svar på miljöförändringar

TF: er är inte de enda sista länkarna i signaleringskaskader som uppstår som svar på olika externa stimuli, men de kan också vara effektorer i miljöinducerade signalkaskader. Till exempel aktiverar värmechockfaktor (HSF) gener för värmechockproteiner som ger överlevnad vid förhöjda temperaturer (till exempel chaperoner ) [22] , hypoxiinducerad faktor (HIF) - med en minskning av syrekoncentrationen [23] ; SREBP-protein (sterol regulatory element binding protein) hjälper till att upprätthålla det nödvändiga lipidinnehållet i celler [24] .

Cellcykelkontroll

Många TF: er, särskilt onkogener och tumörsuppressorer, är involverade i cellcykelreglering . De bestämmer övergången från en fas av cellcykeln till en annan, frekvensen av delningar och tillväxtens intensitet. En av de mest välkända sådana TF:erna är Myc -onkogenen , som spelar en viktig roll i celltillväxt och initiering av apoptos .

Förordning

Alla allmänna biologiska processer har flernivåreglering och kontroll. Detta gäller även för TF:er — TF:er reglerar inte bara nivån av ackumulering av proteiner och RNA i cellen, utan reglerar också aktiviteten hos sina egna gener (ofta med hjälp av andra TF:er). De huvudsakliga metoderna för reglering av TF-aktivitet beskrivs kortfattat nedan.

Gemensamt för alla proteiner

Nivån av TF-ackumulering i cellen regleras på samma sätt som i andra proteiner genom att kontrollera transkription, mRNA-nedbrytning, translation , proteinefterbehandling, dess intracellulära lokalisering och nedbrytning. Självreglering är möjlig enligt principen om negativ feedback  - TF undertrycker aktiviteten hos genen som kodar för den.

Intranukleär lokalisering

I eukaryota organismer är processerna för transkription och translation rumsligt separerade - de förekommer i kärnan respektive cytoplasman . Efter syntes måste TF:er komma in i kärnan genom att bryta igenom det dubbla membranet. Många proteiner som fungerar i kärnan har en nukleär lokaliseringssignal  , en specifik region av polypeptidkedjan som adresserar proteinet till kärnan. För många TF: er är translokation en nyckelfaktor i regleringen av deras aktivitet [25] . Viktiga klasser av TF, såsom vissa nukleära receptorer, måste först binda den endogena agonistliganden i cytoplasman och först därefter transporteras till kärnan [25] .

Aktivering

TF:er kan aktiveras/avaktiveras genom att påverka deras signalkänsliga domän på olika sätt:

• ligandbindning - ett ämne som är nödvändigt för att fungera, inte en del av polypeptiden (till exempel Zn2 +-joner )
• fosforylering [26] [27]  — många TF:er måste fosforyleras för att kunna binda DNA.
• interaktion med andra TF:er och/eller samregulatoriska proteiner.

Tillgänglighet för DNA-bindningsstället

I eukaryoter finns gener som inte transkriberas kontinuerligt ofta i heterokromatin (sektioner av DNA tätt packade genom histonbindning och organiserade i kompakta kromatinfibriller). DNA i heterokromatin är otillgängligt för många transkriptionsfaktorer. För att TF:er ska binda till DNA måste heterokromatin omvandlas till eukromatin , vanligtvis genom histonmodifieringar. Kromatinets frihet från nukleosomer spelar också en viktig roll för att binda TF till DNA . Kromatin fritt från nukleosomer kallas öppet kromatin och binder transkriptionsfaktorer mycket oftare än nukleosombundet kromatin. Omfördelning av nukleosomer utförs av kromatinremodelleringsfaktorer . TF-bindningsstället på DNA kan vara otillgängligt även om det är bundet av en annan transkriptionsfaktor. Par av transkriptionsfaktorer kan spela en antagonistisk roll (aktivator-repressor) i regleringen av aktiviteten hos en gen.

Förekomst av andra kofaktorer/transkriptionsfaktorer

De flesta TF:er fungerar inte ensamma. Ofta måste en stor mängd TF binda till dess regulatoriska element för att aktivera transkription av en gen. Bindning av TF orsakar rekrytering av intermediära proteiner såsom kofaktorer, vilket leder till sammansättning av förinitieringskomplexet och bindning till RNA-polymeraspromotorn.

Struktur

TF:er är modulära i struktur och innehåller följande domäner [2] :

• DNA-bindande domän (DBD)  - interagerar med specifika DNA-sekvenser som är karakteristiska för promotorer och förstärkare . Specificiteten för igenkänning av vissa sekvenser bestämmer uppsättningen av gener som är föremål för reglering av denna TF;
• transaktiverande domän (TAD)  - innehåller bindningsställen för andra proteiner, till exempel transkriptionella samregulatorer [28] ;
• en signaligenkänningsdomän (SSD) (t.ex. en ligandbindande domän), som är känslig för externa signaler och är ansvarig för signalering till andra komponenter i transkriptionskomplexet, vilket orsakar en ökning eller minskning av uttrycksnivån.

DNA-bindande domän

Den strukturella och funktionella enheten (domänen) av transkriptionsfaktorer som binder DNA kallas den DNA-bindande domänen. Nedan är en lista över de viktigaste familjerna av DNA-bindande domäner/TF:er:

TF-bindningsställen

DNA-regioner som interagerar med transkriptionsfaktorer kallas TF-bindningsställen. Interaktionen beror på elektrostatiska krafter , vätebindningar och van der Waals-krafter . På grund av den gemensamma, steriskt bestämda verkan av dessa krafter, som bestäms av proteinmolekylens rumsliga struktur, kan TF endast binda till vissa DNA-regioner. Inte alla nukleotidbaser i DNA som ingår i TF-bindningsstället har samma betydelse i interaktionen med proteinet. Som ett resultat är TF:er vanligtvis inte associerade med en plats med en strikt definierad primär struktur, utan med en grupp av strukturer med nära likhet, var och en med olika grad av affinitet. Till exempel, även om konsensussekvensen för bindningsstället för TATA-bindande proteiner är TATAAAA, kan de också interagera med TATATAT och TATATAA.

På grund av det faktum att TF interagerar med korta DNA-fragment av en heterogen struktur, kan potentiella TF-bindningsställen uppträda slumpmässigt i en ganska lång DNA-molekyl. Det är dock osannolikt att TF:er interagerar med alla relevanta element i genomet.

Olika restriktioner, såsom platstillgänglighet och närvaron av kofaktorer, kan underlätta inriktningen av TF till de önskade DNA-regionerna. Sålunda, baserat på genomsekvensen, är det svårt att på ett tillförlitligt sätt förutsäga det verkliga stället för TF-bindning till DNA in vivo . Ytterligare specificitet för TF kan förmedlas av närvaron av flera DNA-bindande domäner inom ett enda protein, som interagerar med två eller flera intilliggande sekvenser samtidigt.

Kliniska aspekter

På grund av TF:s nyckelroll i processen för realisering av ärftlig information, kan vissa mänskliga sjukdomar orsakas av mutationer i TF-gener. Följande är några av de mest studerade överträdelserna av detta slag:

• Retts syndrom . Mutationer i TF MECP2 -genen är associerade med Retts syndrom, en störning i utvecklingen av nervsystemet [36] .
• Diabetes . En sällsynt form av diabetes som kallas MODY (Maturity onset diabetes of the young) kan bero på mutationer i generna hos vissa TFs [37] .
• Utvecklingsmässig verbal dyspraxi . (kränkning av talfunktioner). Mutationer i FOXP2 TF-genen är associerade med utvecklingen av denna sjukdom, där en person inte kan utföra samordnade rörelser som är nödvändiga för talfunktion [38] [39] .
• Autoimmuna sjukdomar . Mutationer i FOXP3 TF-genen är associerade med den autoimmuna sjukdomen IPEX (immun dysregulation polyendocrinopathy enteropathy X-linked syndrome) [39] .
• Cancer . Många transkriptionsfaktorer är onkogener eller tumörsuppressorer, och deras mutation eller felreglering kan leda till utveckling av cancer. Till exempel orsakas Li-Fraumenis syndrom av mutationer i p53 -tumörsuppressorgenen [40] .

Klassificering

TF: er kan klassificeras enligt (1) verkningsmekanism, (2) regulatorisk funktion, (3) struktur av den DNA-bindande domänen, såväl som naturliga och (5) artificiella.

Verkningsmekanism

På grundval av detta särskiljs tre klasser av TF:

• Huvudsakliga transkriptionsfaktorer (GTF) involverade i bildandet av initieringskomplexet. De viktigaste av dessa är TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF och TFIIH. De finns i alla celler och interagerar med promotorkärnan hos gener som transkriberas av klass 2 RNA-polymeras.
• TFs som interagerar med uppströmsregioner av DNA (regioner belägna uppströms om promotorn, liggande i förhållande till den på andra sidan av den kodande regionen av genen ).
• Inducerbara TF: er liknar den tidigare klassen, men kräver aktivering eller hämning.

Funktion

1. Konstitutiv  - alltid närvarande i alla celler - de viktigaste transkriptionsfaktorerna, Sp1 , NF1 , CCAAT .
2. Aktiverad (aktiv under vissa förhållanden)
   1. Att delta i utvecklingen av organismen (cellspecifikt) - uttryck är strikt kontrollerat, men efter att ha börjat uttryckas kräver det inte ytterligare aktivering - GATA, HNF, PIT-1, MyoD, Myf5, Hox, Winged Helix.
   2. Signalberoende  - kräver en extern signal för att aktiveras
      1. extracellulära signalberoende  - nukleära receptorer
      2. intracellulär signalberoende  - aktiveras av intracellulära föreningar med låg molekylvikt - SREBP , p53 , enkla nukleära receptorer
      3. membranbunden receptorberoende  - fosforyleras av kinaser från signalkaskaden
         1. bosatta nukleära faktorer  - finns i kärnan oavsett aktivering - CREB, AP-1, Mef2
         2. latenta cytoplasmatiska faktorer  - i ett inaktivt tillstånd är lokaliserade i cytoplasman, efter aktivering transporteras de till kärnan - STAT, R-SMAD, NF-kB , Notch , TUBBY, NFAT.

Strukturell klassificering

Transkriptionsfaktorer klassificeras baserat på likheten mellan primär struktur (vilket innebär likhet mellan tertiär struktur) hos DNA-bindande domäner [41] [42] [43] .

• 1 superklass: Basic Domains ( Basic-helix-loop-helix )
  • 1.1 Klass: Leucin dragkedja ( bZIP )
    • 1.1.1 Familj: AP-1 (liknande) komponenter; inkluderar ( c-Fos / c-jun )
    • 1.1.2 Familj: CREB
    • 1.1.3 Familj: C/EBP- liknande faktorer
    • 1.1.4 Familj: bZIP/ PAR
    • 1.1.5 Familj: Plant G-box bindningsfaktorer
    • 1.1.6 Familj: Endast ZIP
  • 1.2 Klass: Helix-loop-helix ( bHLH )
    • 1.2.1 Familj: Ubiquitous (klass A) faktorer
    • 1.2.2 Familj: Myogena transkriptionsfaktorer ( MyoD )
    • 1.2.3 Familj: Achaete-Scute
    • 1.2.4 Familj: Tal/Twist/Atonal/Hen
  • 1.3 Grad: Helix-loop-helix / leucin blixtlåsfaktorer ( bHLH-ZIP )
    • 1.3.1 Familj: Ubiquitous bHLH-ZIP-faktorer; inkluderar USF ( USF1 , USF2 ); SREBP ( SREBP )
    • 1.3.2 Familj: Cellcykelkontrollerande faktorer; inkluderar c-Myc
  • 1.4 Betyg: NF-1
    • 1.4.1 Familj: NF-1 ( NFIC )
  • 1.5 Klass: RF-X
    • 1.5.1 Familj: RF-X ( NFX2 , NFX3 , NFX5 )
  • 1.6 Klass: bHSH
• 2 Superklass: Zinkkoordinerande DNA-bindande domäner
  • 2.1 Klass: Cys4 zinkfinger av nukleär receptortyp
    • 2.1.1 Familj: Steroidhormonreceptorer
    • 2.1.2 Familj: Sköldkörtelhormonreceptorliknande faktorer
  • 2.2 Klass: olika Cys4 zinkfingrar
    • 2.2.1 Familj: GATA-faktorer
  • 2.3 Klass: Cys2His2 zinkfingerdomän
    • 2.3.1 Familj: Ubiquitous faktorer, inkluderar TFIIIA , Sp1
    • 2.3.2 Familj: Utvecklings-/cellcykelregulatorer; inkluderar Kruppel
    • 2.3.4 Familj: Stora faktorer med NF-6B-liknande bindningsegenskaper
  • 2.4 Klass: Cys6 cystein-zinkkluster
  • 2.5 Klass: Zinkfingrar av alternerande sammansättning
• 3 Superklass: Spiral-sväng-spiral
  • 3.1 Klass: Homeodomän
    • 3.1.1 Familj: Endast Homeo-domän; inkluderar Ubx
    • 3.1.2 Familj: POU-domänfaktorer ; okt _
    • 3.1.3 Familj: Homeo-domän med LIM-region
    • 3.1.4 Familj: homeo-domän plus zinkfingermotiv
  • 3.2 Klass: Parad box
    • 3.2.1 Familj: Parad plus homeo-domän
    • 3.2.2 Familj: Endast parad domän
  • 3.3 Klass: Gaffelhuvud / bevingad helix
    • 3.3.1 Familj: Utvecklingsregulatorer; gaffelhuvud _
    • 3.3.2 Familj: Vävnadsspecifika regulatorer
    • 3.3.3 Familj: Cellcykelkontrollerande faktorer
    • 3.3.0 Familj: Andra regulatorer
  • 3.4 Klass: Värmechockfaktorer
    • 3.4.1 Familj: HSF
  • 3.5 Klass: Tryptofankluster
    • 3.5.1 Familj: Myb
    • 3.5.2 Familj: Ets-typ
    • 3.5.3 Familj: Interferon regulatoriska faktorer
  • 3.6 Klass: TEA-domän (transcriptional enhancer factor).
    • 3.6.1 Familj: TEA ( TEAD1 , TEAD2 , TEAD3 , TEAD4 )
• 4 Superklass: beta-Scaffold Factors med Minor Groove-kontakter
  • 4.1 Klass: RHR (Rel homologi region)
    • 4.1.1 Familj: Rel/ ankyrin ; NF-kappaB
    • 4.1.2 Familj: endast ankyrin
    • 4.1.3 Familj: NF-AT ( Nukleär faktor för aktiverade T - celler ) ( NFATC1 , NFATC2 , NFATC3 )
  • 4.2 Klass: STAT
    • 4.2.1 Familj: STAT
  • 4.3 Klass: p53
    • 4.3.1 Familj: s53
  • 4.4 Klass: MADS box
    • 4.4.1 Familj: Regulatorer av differentiering; inkluderar ( Mef2 )
      • 4.4.2 Familj: Svarare på externa signaler, SRF ( serumresponsfaktor ) ( SRF )
  • 4.5 Klass: beta-Barrel alfa-helix transkriptionsfaktorer
  • 4.6 Klass: TATA-bindande proteiner
    • 4.6.1 Familj: TBP
    • 4.7.1 Familj: SOX-gener , SRY
    • 4.7.2 Familj: TCF-1 ( TCF1 )
    • 4.7.3 Familj: HMG2-relaterad, SSRP1
    • 4.7.5 Familj: MATA
  • 4.8 Klass: Heteromera CCAAT-faktorer
    • 4.8.1 Familj: Heteromera CCAAT-faktorer
  • 4.9 Klass: Grainyhead
    • 4.9.1 Familj: Grainyhead
  • 4.10 Klass: Cold-shock-domänfaktorer
    • 4.10.1 Familj: csd
  • 4.11 Klass: Runt
    • 4.11.1 Familj: Runt
• 0 Superklass: Andra transkriptionsfaktorer
  • 0.1 Klass: Kopparnäveproteiner
  • 0.2 Klass: HMGI(Y) ( HMGA1 )
    • 0.2.1 Familj: HMGI(Y)
  • 0.3 Klass: Fickdomän
  • 0,4 Klass: E1A-liknande faktorer
  • 0,5 Klass: AP2/EREBP-relaterade faktorer
    • 0.5.1 Familj: AP2
    • 0.5.2 Familj: EREBP
    • 0.5.3 Superfamilj: AP2/B3
      • 0.5.3.1 Familj: ARF
      • 0.5.3.2 Familj: ABI
      • 0.5.3.3 Familj: RAV

Artificiella transkriptionsfaktorer

CRISPR- systemet kan anpassas för att fungera som en transkriptionsfaktor (crisprTF). För att göra detta modifieras ett CRISPR-associerat protein känt som Cas9 så att när det väl binder till DNA kan det inte längre klyva det. Sedan läggs ett segment till det, som aktiverar eller undertrycker genuttryck genom att modulera cellens transkriptionsmekanism [44] [45] [46] [47] . Till skillnad från transkriptionsfaktorer baserade på zinkfingrar och TAL-effektorn kräver DNA-igenkänning av CRISPR-Cas-systemet endast skapandet av en lämplig RNA "guide"-sekvens, och inte skapandet av nya proteindomäner av enzymet, vilket gör det är mycket mer tillgängligt på grund av billighet och enkelhet (upp till det faktum att en uppsättning regler - "grammatik" - utvecklades som beskriver hur man designar en syntetisk transkriptionsfaktor (STFS) och ett program för dess automatiserade design [48] ).

Se även

• NPAS3
• Proteiner från polycomb-gruppen
• Proteiners reglerande funktion
• laktosoperon
• okt-4

Anteckningar

1. ↑ Koordinerade minskningar av rRNA-gentranskriptionsfaktorer och rRNA-syntes under muskelcellsdifferentiering - PubMed . Hämtad 1 juli 2020. Arkiverad från originalet 4 juli 2020. (obestämd)
2. ↑ 1 2 Latchman DS Transkriptionsfaktorer: en översikt   // Int . J Biochem. Cell biol. : journal. - 1997. - Vol. 29 , nr. 12 . - P. 1305-1312 . - doi : 10.1016/S1357-2725(97)00085-X . — PMID 9570129 .
3. ↑ Karin M. För många transkriptionsfaktorer: positiva och negativa interaktioner  //  New Biol. : journal. - 1990. - Vol. 2 , nr. 2 . - S. 126-131 . — PMID 2128034 .
4. ↑ Roeder RG Rollen av allmänna initieringsfaktorer i transkription av RNA-polymeras II  // Trends Biochem  . sci. : journal. - 1996. - Vol. 21 , nr. 9 . - s. 327-335 . - doi : 10.1016/0968-0004(96)10050-5 . — PMID 8870495 .
5. ↑ Nikolov DB, Burley SK RNA-polymeras II-transkriptionsinitiering: en strukturell vy  (engelska)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 1997. - Vol. 94 , nr. 1 . - S. 15-22 . - doi : 10.1073/pnas.94.1.15 . — PMID 8990153 .
6. ↑ Lee TI, Young RA Transkription av eukaryota proteinkodande gener   // Annu . Varv. Genet.  : journal. - 2000. - Vol. 34 . - S. 77-137 . - doi : 10.1146/annurev.genet.34.1.77 . — PMID 11092823 .
7. ↑ Mitchell PJ, Tjian R. Transkriptionell reglering i däggdjursceller genom sekvensspecifika DNA-bindande proteiner  //  Science : journal. - 1989. - Vol. 245 , nr. 4916 . - s. 371-378 . - doi : 10.1126/science.2667136 . — PMID 2667136 .
8. ↑ Ptashne M., Gann A. Transkriptionsaktivering genom rekrytering   // Nature . - 1997. - Vol. 386 , nr. 6625 . - s. 569-577 . - doi : 10.1038/386569a0 . — PMID 9121580 .
9. ↑ 1 2 Brivanlou AH, Darnell JE Signaltransduktion och kontroll av genuttryck  (engelska)  // Science : journal. - 2002. - Vol. 295 , nr. 5556 . - s. 813-818 . - doi : 10.1126/science.1066355 . — PMID 11823631 .
10. ↑ van Nimwegen E. Skalningslagar i det funktionella innehållet av genom  // Trender Genet  . : journal. - 2003. - Vol. 19 , nr. 9 . - s. 479-484 . - doi : 10.1016/S0168-9525(03)00203-8 . — PMID 12957540 .
11. ↑ Babu MM, Luscombe NM, Aravind L., Gerstein M., Teichmann SA Struktur och utveckling av transkriptionella regulatoriska nätverk   // Curr . Opin. Struktur. Biol. : journal. - 2004. - Vol. 14 , nr. 3 . - S. 283-291 . - doi : 10.1016/j.sbi.2004.05.004 . — PMID 15193307 .
12. ↑ Lambert SA , Jolma A. , Campitelli LF , Das PK , Yin Y. , Albu M. , Chen X. , Taipale J. , Hughes TR , Weirauch MT The Human Transcription Factors.  (engelska)  // Cell. - 2018. - 8 februari ( vol. 172 , nr 4 ). - s. 650-665 . - doi : 10.1016/j.cell.2018.01.029 . — PMID 29425488 .
13. ↑ Reese JC Basala transkriptionsfaktorer  (obestämd)  // Aktuell åsikt inom genetik och utveckling. - 2003. - April ( vol. 13 , nr 2 ). - S. 114-118 . - doi : 10.1016/S0959-437X(03)00013-3 . — PMID 12672487 .
14. ↑ Shilatifard A., Conaway RC, Conaway JW  RNA -polymeras II-förlängningskomplexet  // Årlig översyn av biokemi : journal. - 2003. - Vol. 72 . - P. 693-715 . - doi : 10.1146/annurev.biochem.72.121801.161551 . — PMID 12676794 .
15. ↑ Thomas MC, Chiang CM Det allmänna transkriptionsmaskineriet och allmänna kofaktorer  //  Kritiska recensioner i biokemi och molekylärbiologi: tidskrift. - 2006. - Vol. 41 , nr. 3 . - S. 105-178 . — PMID 16858867 .
16. ↑ Lobe CG Transkriptionsfaktorer och däggdjursutveckling  (neopr.)  // Aktuella ämnen i utvecklingsbiologi. - 1992. - T. 27 . - S. 351-383 . — PMID 1424766 .
17. ↑ Lemons D., McGinnis W. Genomisk evolution av Hox-genkluster  // Science  :  journal. - 2006. - September ( vol. 313 , nr 5795 ). - P. 1918-1922 . - doi : 10.1126/science.1132040 . — PMID 17008523 .
18. ↑ Moens CB, Selleri L. Hox cofactors in vertebrate development  (neopr.)  // Developmental biology. - 2006. - Mars ( vol. 291 , nr 2 ). - S. 193-206 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2005.10.032 . — PMID 16515781 .
19. ↑ Ottolenghi C., Uda M., Crisponi L., Omari S., Cao A., Forabosco A., Schlessinger D. Bestämning och stabilitet av kön  (neopr.)  // BioEssays : nyheter och recensioner inom molekylär, cellulär och utvecklingsmässig biologi. - 2007. - Januari ( vol. 29 , nr 1 ). - S. 15-25 . - doi : 10.1002/bies.20515 . — PMID 17187356 .
20. ↑ Pawson T. Signaltransduktion - en bevarad väg från membranet till kärnan  //  Developmental genetics: journal. - 1993. - Vol. 14 , nr. 5 . - s. 333-338 . - doi : 10.1002/dvg.1020140502 . — PMID 8293575 .
21. ↑ Osborne CK, Schiff R., Fuqua SA, Shou J. Östrogenreceptor: aktuell förståelse av dess aktivering och modulering   // Clin . Cancer Res. : journal. - 2001. - December ( vol. 7 , nr 12 Suppl ). - P. 4338s-4342s; diskussion 4411s—4412s . — PMID 11916222 .
22. ↑ Shamovsky I., Nudler E. Nya insikter i mekanismen för aktivering av värmechockrespons   // Cell . Mol. livsvetenskap.  : journal. - 2008. - Mars ( vol. 65 , nr 6 ). - s. 855-861 . - doi : 10.1007/s00018-008-7458-y . — PMID 18239856 .
23. ↑ Benizri E., Ginouvès A., Berra E. Magin i hypoxi-signaleringskaskaden   // Cell . Mol. livsvetenskap.  : journal. - 2008. - April ( vol. 65 , nr 7-8 ). - P. 1133-1149 . - doi : 10.1007/s00018-008-7472-0 . — PMID 18202826 .
24. ↑ Weber LW, Boll M., Stampfl A. Att upprätthålla kolesterolhomeostas: bindande proteiner för sterolreglerande element  // World  J. Gastroenterol. : journal. - 2004. - November ( vol. 10 , nr 21 ). - P. 3081-3087 . — PMID 15457548 . Arkiverad från originalet den 11 augusti 2007.
25. ↑ 1 2 Whiteside ST, Goodbourn S. Signaltransduktion och nukleär inriktning: reglering av transkriptionsfaktoraktivitet genom subcellulär lokalisering   // Journal of Cell Science : journal. — Biologbolaget1993. - April ( vol. 104 (Pt 4) ). - P. 949-955 . — PMID 8314906 .
26. ↑ Bohmann D. Transkriptionsfaktorfosforylering: en länk mellan signaltransduktion och reglering av genuttryck  //  Cancerceller (Cold Spring Harbor, NY: 1989): journal. - 1990. - November ( vol. 2 , nr 11 ). - s. 337-344 . — PMID 2149275 .
27. ↑ Weigel NL, Moore NL Steroidreceptorfosforylering: En nyckelmodulator av multipelreceptorfunktioner   : journal . - 2007. - PMID 17536004 .
28. ↑ Wärnmark A., Treuter E., Wright AP, Gustafsson J-Å. Aktiveringsfunktioner 1 och 2 av nukleära receptorer: molekylära strategier för transkriptionell aktivering  (engelska)  // Mol. Endokrinol. : journal. - 2003. - Vol. 17 , nr. 10 . - S. 1901-1909 . - doi : 10.1210/me.2002-0384 . — PMID 12893880 .
29. ↑ Littlewood TD, Evan GI Transkriptionsfaktorer 2: helix-loop-helix  (neopr.)  // Proteinprofil. - 1995. - V. 2 , nr 6 . - S. 621-702 . — PMID 7553065 .
30. ↑ Vinson C., Myakishev M., Acharya A., Mir AA, Moll JR, Bonovich M. Klassificering av humana B-ZIP-proteiner baserat på dimeriseringsegenskaper  //  Molecular and cellular biology : journal. - 2002. - September ( vol. 22 , nr 18 ). - P. 6321-6335 . - doi : 10.1128/MCB.22.18.6321-6335.2002 . — PMID 12192032 .
31. ↑ Wintjens R., Rooman M. Strukturell klassificering av HTH DNA-bindande domäner och protein-DNA interaktionssätt  //  Journal of molecular biology : journal. - 1996. - September ( vol. 262 , nr 2 ). - s. 294-313 . - doi : 10.1006/jmbi.1996.0514 . — PMID 8831795 .
32. ↑ Gehring WJ, Affolter M., Bürglin T. Homeodomain proteins  (engelska)  // Annual review of biochemistry : journal. - 1994. - Vol. 63 . - s. 487-526 . doi : 10.1146 / annurev.bi.63.070194.002415 . — PMID 7979246 .
33. ↑ Dahl E., Koseki H., Balling R. Pax gener och organogenes  (neopr.)  // BioEssays: nyheter och recensioner inom molekylär, cellulär och utvecklingsbiologi. - 1997. - September ( vol. 19 , nr 9 ). - S. 755-765 . - doi : 10.1002/bies.950190905 . — PMID 9297966 .
34. ↑ Laity JH, Lee BM, Wright PE Zinkfingerproteiner: nya insikter om strukturell och funktionell mångfald  //  Aktuell åsikt inom strukturell biologi: tidskrift. - 2001. - Februari ( vol. 11 , nr 1 ). - S. 39-46 . - doi : 10.1016/S0959-440X(00)00167-6 . — PMID 11179890 .
35. ↑ Wolfe SA, Nekludova L., Pabo CO DNA-igenkänning av Cys2His2 zinkfingerproteiner  (engelska)  // Årlig översyn av biofysik och biomolekylär struktur  : journal. - 2000. - Vol. 29 . - S. 183-212 . - doi : 10.1146/annurev.biophys.29.1.183 . — PMID 10940247 .
36. ↑ Fichou Y., Nectoux J., Bahi-Buisson N., Rosas-Vargas H., Girard B., Chelly J., Bienvenu T. Den första missense-mutationen som orsakar Retts syndrom som specifikt påverkar MeCP2_e1-isoformen. (engelska)  // Neurogenetics: journal. - 2008. - November. — PMID 19034540 .
37. ↑ Al-Quobaili F., Montenarh M. Pankreatisk duodenal homeobox faktor-1 och diabetes mellitus typ 2 (recension). (engelska)  // Int J Mol Med. : journal. - 2008. - Vol. 21(4) . - s. 399-404 . — PMID 18360684 .
38. ↑ Lai CS, Fisher SE, Hurst JA, Vargha-Khadem F., Monaco AP. En forkhead-domängen är muterad i en allvarlig tal- och språkstörning. (engelska)  // Natur: journal. - 2001. - Vol. 413 (6855) . - s. 519-523 . — PMID 11586359 .
39. ↑ 1 2 Banerjee-Basu S., Baxevanis AD Strukturell analys av sjukdomsalstrande mutationer i P-underfamiljen av gaffelhuvudstranskriptionsfaktorer. (engelska)  // Proteins: journal. - 2004. - Vol. 54(4) . - s. 639-647 . — PMID 14997560 .
40. ↑ Ariffin H., Martel-Planche G., Daud SS, Ibrahim K., Hainaut P. Li-Fraumenis syndrom hos en malaysisk släkt. (neopr.)  // Cancer Genet Cytogenet .. - 2008. - T. 186 (1) . - S. 49-53 . — PMID 18786442 .
41. ↑ Stegmaier P., Kel AE, Wingender E. Systematisk DNA-bindande domänklassificering av transkriptionsfaktorer  //  Genominformatik. International Conference on Genome Informatics: tidskrift. - 2004. - Vol. 15 , nr. 2 . - s. 276-286 . — PMID 15706513 . Arkiverad från originalet den 19 juni 2013.
42. ↑ Matys V., Kel-Margoulis OV, Fricke E., Liebich I., Land S., Barre-Dirrie A., Reuter I., Chekmenev D., Krull M., Hornischer K., Voss N., Stegmaier P. ., Lewicki-Potapov B., Saxel H., Kel AE, Wingender E. TRANSFAC och dess modul TRANSCompel: transkriptionell genreglering i eukaryoter  // Nucleic Acids Res  . : journal. - 2006. - Vol. 34 , nr. Databasproblem . - P. D108-10 . doi : 10.1093 / nar/gkj143 . — PMID 16381825 .
43. ↑ TRANSFAC®-databas . _ _ Hämtad 5 augusti 2007. Arkiverad från originalet 21 mars 2012. (obestämd)
44. ↑ Qi Lei S. , Larson Matthew H. , Gilbert Luke A. , Doudna Jennifer A. , Weissman Jonathan S. , Arkin Adam P. , Lim Wendell A. Återanvända CRISPR som en RNA-guidad plattform för sekvensspecifik kontroll av genuttryck   // Cell . - 2013. - Februari ( vol. 152 , nr 5 ). - P. 1173-1183 . — ISSN 0092-8674 . - doi : 10.1016/j.cell.2013.02.022 . — PMID 23452860 .
45. ↑ Farzadfard Fahim , Perli Samuel D. , Lu Timothy K. Avstämbara och multifunktionella eukaryota transkriptionsfaktorer baserade på CRISPR/Cas  //  ACS Synthetic Biology. - 2013. - 11 september ( vol. 2 , nr 10 ). - s. 604-613 . — ISSN 2161-5063 . - doi : 10.1021/sb400081r . — PMID 23977949 .
46. ↑ Gilbert Luke A. , Larson Matthew H. , Morsut Leonardo , Liu Zairan , Brar Gloria A. , Torres Sandra E. , Stern-Ginossar Noam , Brandman Onn , Whitehead Evan H. , Doudna Jennifer A. , Lim Wendell A. , Weissman Jonathan S. , Qi Lei S. CRISPR-medierad modulär RNA-guidad reglering av transkription i eukaryoter  // Cell. - 2013. - Juli ( vol. 154 , nr 2 ). - S. 442-451 . — ISSN 0092-8674 . - doi : 10.1016/j.cell.2013.06.044 . — PMID 23849981 .
47. ↑ Perez-Pinera Pablo , Kocak D Dewran , Vockley Christopher M , Adler Andrew F , Kabadi Ami M , Polstein Lauren R , Thakore Pratiksha I , Glass Katherine A , Ousterout David G , Leong Kam W , Guilak Farshid , Crawford Reddy Gregory E , Timothy E , Gersbach Charles A. RNA-vägledd genaktivering av CRISPR-Cas9-baserade transkriptionsfaktorer  //  Nature Methods. - 2013. - 25 juli ( vol. 10 , nr 10 ). - s. 973-976 . — ISSN 1548-7091 . - doi : 10.1038/nmeth.2600 . — PMID 23892895 .
48. ↑ Purcell Oliver , Peccoud Jean , Lu Timothy K. Regelbaserad design av syntetiska transkriptionsfaktorer i eukaryoter  //  Syntetisk biologi för ACS. - 2014. - 3 januari ( vol. 3 , nr 10 ). - s. 737-744 . — ISSN 2161-5063 . - doi : 10.1021/sb400134k . — PMID 24933274 .

Ordböcker och uppslagsverk	Britannica (online) Brockhaus
I bibliografiska kataloger	J9U : 987007537188805171 LCCN : sh92005483